民国二年(1913年)10月,蔡锷调往北京,云南都督一职,蔡锷力荐唐继尧继任,获得袁世凯批准。11月,唐继尧率部回滇任都督,掌握了云南军政大权,控制了全部滇军。民国四年(1915年)12月25日,唐继尧等联名发出二次通电,宣布云南即日起独立,护国战争爆发。云南宣布护国起义后,决定蔡锷、罗佩金率第1军入川;李烈钧、何国钧、陈珧率第2军直趋南宁,尔后分师进击湘粤;唐继尧率第3军东出贵州取武汉;李友勋率偏师经会理、宁远,进取成都。进军福建、浙江的军队取守势;进攻陕西、甘肃的部队相机威胁袁军右侧,然后主力从武汉向北推进。 民国四年(1915年)12月10日至12日,护国军第1军第1梯团长刘云峰率邓泰中、杨蓁2个支队为由昆明出发,赵又新、顾品珍两梯团为中路,于次年1月14日由昆明出发,董鸿勋率主力第3支队于1月10日先行,经毕节、永宁取泸州。第4梯团长戴戡为右路军,次年2月2日由贵阳出发,经松坎,攻占綦江,向重庆方向前进。民国五年(1916年)1月16日,蔡锷所部刘云峰梯团抵达滇川接壤之新场。17日,向川南镇守使伍祥祯部发起进攻。次日,占领四川高县西北之横江。19日,向叙府西南之安边进攻。21日占领叙府。袁军分四路反攻叙府,均被击退。27日,贵州护军使刘显世宣布贵州独立,并派出两路黔军协同云南护国军作战。 民国五年(1916年)2月20日,李烈钧部由昆明向广西开进。3月初,在滇桂边境之广南、富宁地区与龙觐光部展开激战。第2军张开儒梯团于富宁东面之皈朝地区击退龙军第1路司令李文富部多次进攻,双方成僵持状态。第2军方声涛梯团与龙军第2路司令黄恩锡部在广南地区激战数日,将黄部击退。15日,宁武将军陆荣廷通电宣布广西独立。云南护国军趁势向龙军发动反攻。与此同时,由云南前出广西截击龙军的第3军赵钟奇梯团进抵西隆,与方声涛梯团夹击黄恩锡部。黄部战败,残部向滇南逃窜。由第3军一部改编的挺进军黄毓成部,此时亦由云南经贵州兴义进抵广西百色,协同桂军包围龙觐光指挥部,并将其全部缴械。李文富率众投降。窜至滇南的龙军第3路龙体乾土匪武装和黄恩锡残部,遭第3军刘祖武等部阻击,部分被歼,部分逃离滇境。民国五年(1916年)5月8日,西南护国各省在广东肇庆组织护国军务院,推举唐继尧为军务院抚军长,滇军凭借护国战争,将势力扩展到了四川。袁世凯病死、护国战争结束后,以唐继尧为首的滇系军阀也正式形成。8月底,蔡锷离川东渡日本治疗。蔡锷离川前,保举入川滇军总参谋长罗佩金暂署四川督军,罗佩金尽力搜刮四川的财富,掠夺盐税,强令四川负担入川滇、黔军的军饷,由此,与四川军民矛盾日深。罗佩金又奉行“强滇弱川”政策,扩充入川滇军,压制川军。民国五年(1916年)冬,罗佩金召开编遣会议,裁减川军,激起川军五师长联名通电控诉。民国六年(1917年)3月,罗佩金又以武力解散川军第4师,第2师师长刘存厚乘机联络川军各部共谋驱罗。民国六年(1917年)4月18日,刘存厚率部围攻驻成都皇城之罗佩金部,刘罗之战爆发。由于滇军增援部队赵又新部在资阳、内江地区遭到川军第2师的阻击,罗佩金孤立无援,被迫交出督印,于4月24日率部从成都退往简阳、自贡等地。滇黔联军在与川军作战中连连失利,退入川南,四川脱离了滇系军阀的控制。
护国战争结束后,唐继尧仍企图控制川、黔两省,进而问鼎据中原。民国六年(1917年)8月25日至9月1日,孙中山在广州召开了国会非常会议,通过了《中华民国军政府组织大纲》选举孙中山为大元帅,唐继尧、陆荣廷为元帅,建立“中华民国军政府”,进入了“护法时期”。唐继尧拒就元帅之职,把滇军改为“靖国军”,扩编为8个军,将其中4个军开赴四川讨伐刘存厚。滇军在四川战败,北洋军攻占重庆。顾品珍率滇军第1军及耿金锡、李友勋2个旅攻克重庆,北洋军退出四川。12月4日,滇黔联军进入重庆,向川南进击,于12月14日占领泸州。12月21日,川军熊克武、但懋辛、石青阳等通电加入靖国联军,推举熊克武为四川靖国各军总司令,并推举唐继尧为滇川黔靖国联军总司令。民国七年(1918年)1月9日,熊克武召集川、滇、黔靖国各军将领在重庆开会,决定兵分三路,直取成都。2月20日,三省联军攻入成都,刘存厚等部退往陕南汉中地区。至此,唐继尧以夺取和控制四川为目标的靖国战争基本结束。唐继尧为了牢固地控制四川,并进一步向陕西、湖北扩张,便以商讨北伐为名,决定于9月在重庆召开川、滇、黔、鄂、豫五省联军会议,并就任“五省联军总司令”职。唐继尧及滇黔军对四川的侵入和压迫,激起了川军将领的普遍不满和反对。熊克武、刘存厚等联合决定以武力驱逐滇黔军,发动靖川之战。民国九年(1920年)8月6日,刘存厚在汉中组织靖川军,自任总司令,委任田颂尧为第1路司令,唐廷牧为第2路司令,张印本为第3路司令。熊克武部亦进行了整编,委任但懋辛为第2军军长,刘湘为第2军军长,刘成勋为第3军军长。熊、刘共推刘湘为前敌总指挥,两军分道出发,夹击成都。川军各部,亦相机通