两年后，皮丘进化成了皮卡丘。
小智和小茂，以及皮卡丘，跟着大木博士到各个地区去拜访各地区的博士。
他们先到了丰源地区，拜访了小田卷博士，在丰源地区，小智收服到了一只火稚鸡和一只颜色不同的丑丑鱼。
现在小智他们来到了神奥地区，山梨博士的研究所，认识了神奥的御三家，但却因为一些事情，导致神奥的御三家都跑了出来，于是他们决定分头找，而这边小智已经找到了神奥的水系御三家波加曼，但波加曼并不友好，见到小智就对他使泡沫光线。
小智（躲开）波加曼快住手！
波加曼（往森林深处逃）
小智皮卡丘，我们快跟上波加曼。
皮卡丘皮卡~
小智和皮卡丘去追波加曼
等他们找到波加曼时，波加曼被困在一张大的蛛网上
小智波加曼！
皮卡丘皮卡~
波加曼波加~
正当小智想要去救波加曼时，一只阿利多斯突然袭击他们
阿利多斯阿利~
小智阿利多斯快把波加曼放了。
阿利多斯（使出泥巴攻击）阿利~
小智（躲开）啊！
小智皮卡丘，十万伏特！
小智给皮卡丘下达指令
皮卡丘皮卡丘~
一道黄色的电流向阿利多斯驶去，打中了阿利多斯
阿利多斯阿利~~
阿利多斯被击退了
趁这时间，小智和皮卡丘把波加曼救了下来
小智没事吧，波加曼？
波加曼（使出啄）波加~
小智干什么呀？明明是我救了你，你还要攻击我。
这时，刚才那只阿利多斯带着许多阿利多斯来到小智他们面前。
小智可恶。
小智带着皮卡丘和波加曼逃，阿利多斯们并不打算放过他们，在后面穷追不舍
阿利多斯们用吐丝把小智他们的路封住，阿利多斯们一步步接近他们，对他们使用毒针攻击，小智他们到处躲避，这时小智的宝可梦食物掉在了地上。
小智对了，皮卡丘，波加曼等我一会将宝可梦食物撒出的时候，用十万伏特和泡沫光线把蛛丝弄断。
皮卡丘皮卡~
波加曼波加~
小智1，2好要来啊！
小智撒出宝可梦食物，阿利多斯见到宝可梦食物，便用蛛丝黏住宝可梦食物，送到嘴里，开始吃
小智好，就是现在皮卡丘，波加曼。
皮卡丘皮卡丘~
波加曼波加~
十万伏特和泡沫光线打出了一个缺口，小智他们往缺口逃，这时阿利多斯突然用蛛丝黏住了小智和皮卡丘，随机阿利多斯对他们使用毒针攻击
波加曼波加~
这时波加曼挡在了小智面前挡下了毒针
波加曼波加~
小智波加曼！
这时波加曼身体发光
小智这是…对了，使用忍耐。
波加曼波加~
波加曼发出了一道强大的白色光线，让阿利多斯们变成了星星
波加曼（瘫倒在地上）波加~
小智和皮卡丘也挣脱了蛛丝
小智（抱住）波加曼。
小智你很厉害哦。
波加曼波加~
小智我们走吧。
小智和皮卡丘，波加曼离开了这里，走了一会后。他们来到一个湖前
小智这里是…
这时湖面刮起了风，一只透明的宝可梦出来在湖面上
小智那是…
艾姆利多艾姆~
在叫了一声后便消失了
小智那到底是…
黄昏
小智和皮卡丘，波加曼回到了山梨博士的研究所。其他的御三家也都找回来了，小智他们也该走了
山梨博士要走了吗。
大木博士是啊，接下来我们要去钢铁岛看看。
山梨博士谢谢你们的帮助。
大木博士不用谢，那我们就走了。
这时波加曼冲了出来。
小智波加曼。
波加曼来到小智面前，看着小智
小智难道你是想…
波加曼（点头）波加~
大木博士是吗？那山梨你说呢。
山梨博士就这样吧，小智你愿不愿意带着波加曼。
小智我！
山梨博士是的，这只波加曼似乎想跟着你，那你…
小智呃…
小茂（7岁）你不要的话我要。
小茂看着波加曼说，毕竟现在他和小智才七岁，还不到可以成为训练的年纪，可小智却已经收服了三只宝可梦，这让小茂十分嫉妒
小智别，谁说我不要，再说了波加曼真的会听你的话吗。
小茂（7岁）哼。
小智波加曼你愿不愿意成为我的伙伴和家人呢。
波加曼波加~
小智好，那请多指教了波加曼。
波加曼波加~
山梨博士小智给，这是波加曼的精灵球。
小智谢谢您。
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