乾隆三十一年六月初七日（1766年7月13日），那拉氏一族被拨回镶蓝旗并改为公中佐领 [41] 。同月讷苏肯被降为三等侍卫并交由乌什大臣差遣。七月，那拉氏位下只剩两名宫女；按清宫制度，只有位分最低微的答应才只有两名宫女。七月十四日未时，皇后崩，十五日，正在木兰狩猎的皇帝发了一道上谕：
“据留京办事王大臣奏，皇后于本月十四日未时薨逝。皇后自册立以来尚无失德。春，朕恭奉皇太后巡幸江浙，正承欢洽庆之时，皇后性忽改常，于皇太后前不能恪尽孝道。比至杭州，则举动尤乖正理，迹类疯迷。因令先程回京，在宫调摄。经今一载余，病势日剧，遂尔奄逝。此实皇后福分浅薄，不能仰承圣母慈眷、长受朕恩礼所致。若论其行事乖违，即予以废黜亦理所当然。朕仍存其名号，已为格外优容。但饰终典礼，不便复循孝贤皇后大事办理。所有丧仪，只可照皇贵妃例行，交内务府大臣承办。著将此宣谕中外知之。”
同日，乾隆命十二阿哥永璂从避暑山庄回京穿孝。八月初一日，十二阿哥就回圆明园了，这样算下来，乾隆只让十二阿哥为继后穿孝十几日，但按乾隆朝的规矩，皇子要为生母穿孝百日。八月初四日，尚书房师傅入直，十二阿哥开始读书。
乾隆三十一年七月二十四日，监察御史李玉鸣因妄奏皇后丧仪而被革职并带铁链九条发往伊犁。八月十一日（1766年9月14日），李玉鸣和阿永阿各减六十大板和二十大板，并当着阿永阿的面责打李玉鸣四十大板，又责打阿永阿六十大板。
皇后死了，皇帝却说是她福薄所致，并且不肯为她举行皇后等级的葬礼。直至此时，帝后反目事件仍然令人不解。而民间议论则愈演愈烈，乾隆四十一年的严譄案中，奏请为纳皇后补行颁诏的都察院候选吏员严譄供称：“三十年皇上南巡，在江南路上先送皇后回京，我那刚在山西本籍即闻得有此事，人家都说皇上在江南要立一个妃子，纳皇后不依，因此挺触将头发剪去，这个话说的人很多，如今事隔十来年，我哪里记得是谁说的呢。”乾隆四十三年，又有一锦县生员金从善上书奏请立储、立后、纳谏、施德，并为继皇后鸣冤，要求乾隆就此事下罪己诏。引得乾隆帝勃然大怒。
为了平息民间议论，在金从善案中，乾隆帝终于松口承认皇后断发，但绝口不提皇后断发的原因，只说皇后丧仪降等是”自蹈非理“而非”色衰爱驰“，自己才是委曲求全的一方：“孝贤皇后崩逝时，因那拉氏本系朕青宫时皇考所赐之侧室福晋，位次相当，遂奏闻圣母皇太后，册为皇贵妃、摄六宫事。又越三年，乃册立为后。其后自获过愆，朕仍优容如故。乃至自行翦发，则国俗所最忌者，而彼竟悍然不顾。然朕犹曲予包含，不行废斥。后因病薨逝，只令减其仪文，并未降明旨削其位号。朕处此事，实为仁至义尽。且其立也，循序而进，并非以爱选色升。及其后自蹈非理，更非因色衰爱弛，况自此不复继立皇后。朕心事光明正大如此,洵可上对天祖、下对臣民。天下后世，又何从訾议乎?该逆犯（指金从善）乃欲朕下罪己之诏，朕有何罪而当下诏自责乎 ......"
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