朱允炆

五弟：瓯宁哀简王，徐悼王（或简王、愍王）朱允熙（𤐤，1391－1407），太子妃吕氏所生，建文元年封为徐王，未及就藩，建文四年被成祖降封为敷惠王，永乐二年改封瓯宁王，奉懿文太子祀，与母亲一起住在父亲的陵园内。1407年，因住所失火被烧死，谥号哀简。南明弘光帝追复其为徐王，谥号悼，一说谥号简，隆武帝追上谥号愍。

姐妹

江都公主朱氏，生母不详，生卒年不详，本为江都郡主，洪武二十七年嫁给长兴侯耿炳文之子前军都督佥事耿璿，建文元年封为公主，永乐初年耿璿因连坐得罪而死，公主被降为郡主，郁郁而终。

宜伦郡主朱氏，生母不详，生卒年不详，永乐十五年下嫁于礼。

朱氏，生母不详，生卒年不详，早夭，未封未嫁。

南平郡主朱氏，生母及生年不详，未嫁，死后被成祖追封为南平郡主。 [25]

皇后

孝愍让皇后马氏（约1370－1402），光禄少卿马全之女，洪武二十八年册为太孙妃，建文元年册为皇后，靖难之役中死于宫中大火，无谥号。南明弘光帝追谥其为孝愍温贞哲睿肃烈襄天弼圣让皇后。 [25]

儿子

长子：和简（或恭愍）太子朱文奎（1396－1402），马皇后所生，建文元年被立为太子，靖难之役中与父亲一起失踪，有说死于宫中大火。南明弘光帝追复其为恭愍太子，隆武帝追复其为和简太子。

次子：润怀王（或原怀王）朱文圭（1401年－1457年），马皇后所生，靖难之役后被囚禁在凤阳，年仅两岁，称“建庶人”。明英宗夺门之变复辟后，对同样被幽禁的“吴庶人”（可能是朱允熥的后代）、“建庶人”产生怜悯之心，为其修建房屋，娶妻生子，并将其释放。朱文圭此时已被囚禁五十余年，重获自由后已是不辨牛马，不久后去世。明英宗年间还曾经提到过建庶人、吴庶人两家的生活问题，这里所指应该是他们的后代。南明弘光帝追复其为润王（一说原王），谥号“怀” [25]

正史记载

关于朱允炆的下落，历来存在两种不同说法，官方史书记载朱允炆及其长子已死于火中，而民间则出现了朱允炆未死的“流亡说”。

“宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中“。 [26]

（在燕兵攻陷京师后，朱允炆）“遂阖宫自已焚燃。上望见宫中烟起，急遣中使往救，至已不及，中使出其尸于火中，还白上，上哭曰，果然，若是痴呆耶！“ [27]

朱棣登位后在给朝鲜国王的诏书上亦曰：“不期建文为权奸逼胁，阖宫自己焚燃。“（《明实录·太宗实录》）

“棣遣中使出后尸于火，诡云帝尸，越八日壬申，用学士王景言，备礼葬之。“

“燕师入，七岁矣，莫知所踪。”——《明史》

“上入宫，忽火发，皇后马氏暴崩，程济奉上变僧服遁去。燕王遂入宫。因指烬中后骨以为上！“ [28] ——《明史 建文皇帝本纪》