671723侦探们的夜想曲（案件）*
672724侦探们的夜想曲（绑架）*
673725侦探们的夜想曲（推理）*
674726侦探们的夜想曲（波本）
681733以性命为赌注的恋爱转播（转播开始）*
683735以性命为赌注的恋爱转播（现场突入）*
699751逼近灰原秘密的黑影（前篇）*
700752逼近灰原秘密的黑影（后篇）
701753漆黑的特快列车（发车）
702754漆黑的特快列车（隧道）
703755漆黑的特快列车（交叉）
704756漆黑的特快列车（终点）
705 757 密室中的柯南 *
706758解谜的波本
722 774 香甜冰凉的快递（前篇） *
723 775 香甜冰凉的快递（后篇） *
734786~787茱蒂的追忆与赏花的陷阱★
739792小五郎在酒吧里（后篇）
740793小兰也倒在浴室里了（前篇）
770823气氛僵硬的茶会（前篇）
771824气氛僵硬的茶会（前篇）
779832绯色的序章
780833绯色的追寻
781834绯色的交错
782835绯色的回归
783836绯色的真相
813868悄悄靠近安室的黑影
836891关系不好的女子乐队（前篇）*
837892关系不好的女子乐队（后篇）*
863918灵魂侦探被杀事件（上集）
864919灵魂侦探被杀事件（下集）
866921背叛的舞台（上集）
867922背叛的舞台（下集）
872927柯南与平次的鵺传说（鸣声篇）*
942999寻找玛利亚（后篇）
漫画版
注：三个数字分别表示卷数、话数和总话数，如“01/01 001”表示“第1卷第1话，总第1话”。带*表示虽然有黑衣组织的成员登场，但是与黑衣组织本身无太大关联。
01/01 001 现代的福尔摩斯
01/02 002 变成小孩子的名侦探
02/04 014 行踪不明的男子
02/05 015 可怜的少女
02/06 016 追踪高大的男人
02/07 017 恶魔一样的主谋
04/04 033 黑色公事包之谜（对应动画修改为与组织无关）
12/04 114 突如其来的遭遇
12/05 115 炸弹的下落
12/06 116 柯南失算了
18/06 176 转学生
18/07 177 黑衣女郎
18/08 178 秘密组织成员·代号雪莉
18/09 179 伪装的少女
18/10 180 将死
19/01 181 为什么？
19/09 189 被狙击的球！
19/10 190 5万6千名人质
20/01 191 远方之眼
24/07 238 背叛的街角
24/08 239 漆黑的丧葬行列
24/09 240 不告而别
24/10 241 来自过去的子弹
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