登场情况
TV版
注：带★表示动画特别篇；带*表示虽然有黑衣组织的成员登场，但是与黑衣组织本身无太大关联。括号内表示海外版集数。
原版集数海外版集数标题
11云霄飞车杀人事件
5456电玩公司杀人事件
118 124~125 浪花连续杀人事件★ *
128135黑衣组织十亿元抢劫事件（部分情节为动画原创）
129 136~139 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件★
176190与黑衣组织的再会（灰原篇）
177191与黑衣组织的再会（柯南篇）
178192与黑衣组织的再会（解决篇）
230249神秘的乘客（前篇）
231250神秘的乘客（后篇）
271293急忙掩饰的忽略（前篇）
272294急忙掩饰的忽略（后篇）
286308工藤新一纽约事件（事件篇）
288310工藤新一纽约事件（解决篇）
289311光彦森林迷失记（前篇）*
290312光彦森林迷失记（后篇）*
307332遗留的无声证言（前篇）
308333遗留的无声证言（后篇）
309334与黑衣组织的接触（交涉篇）
310335与黑衣组织的接触（追迹篇）
311336与黑衣组织的接触（决死篇）
338363四辆保时捷（前篇）
339364四辆保时捷（后篇）
340365厕所里隐藏的秘密（前篇）
341366厕所里隐藏的秘密（后篇）
345371~375与黑衣组织的直面对决满月之夜的双重谜案★
425459~463黑暗冲击！黑衣组织的魔爪伸来的瞬间★
462 502 黑衣组织的影子 年幼的目击者
463 503 黑衣组织的影子 奇妙的照明
464 504 黑衣组织的影子 谜样的高额报酬
465 505 黑衣组织的影子 珍珠的流星
484527黑色照片的去向（前篇）
485528黑色照片的去向（后篇）
491538红与黑的碰撞开端
492 539 红与黑的碰撞 血缘
493 540 红与黑的碰撞 绝叫
494 541 红与黑的碰撞 冥土
495 542 红与黑的碰撞 昏睡
496 543 红与黑的碰撞 侵入
497 544 红与黑的碰撞 觉醒
498 545 红与黑的碰撞 搅乱
499 546 红与黑的碰撞 伪装
500 547 红与黑的碰撞 遗言
501 548 红与黑的碰撞 嫌疑
502 549 红与黑的碰撞 洁白
503 550 红与黑的碰撞 决死
504 551 红与黑的碰撞 殉职
563614侦探团VS强盗团（骚动）
564615侦探团VS强盗团（沉默）
578629召唤危机的红色前兆
579630黑与13的暗示
580631逼近的黑色时刻
581632红色的摇摆目标
667719婚礼前夜（前篇）*
668720婚礼前夜（后篇）*
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