瑞元被先驱信任后，派往山东潍县居正革命军中当参谋长。又过了三年，被先驱召到广州任陈炯明司令部作战科主任。不久，被调到福建长泰当陈炯明的第二支队司令。陈炯明的第二支队也就一个连，陈炯明作为前哨的瞭望所。为保地方平安或实力领域，陈公翌的浙军驻在福建。陈公翌召见了瑞元，“福建这里是我驻军地盘，你们几十个人来这里干什么”？瑞元“奉陈司令之命来此驻军”。陈公翌“驻你娘个屁，给老子滚，来人”。陈公翌的兵当场开枪，第二支队的士兵一下死伤半数。瑞元一看，吓得只身逃到平时给他缝过衣服的农民谢娘家里。谢娘把他藏在一只大缸中，缸上用蒸笼盖着，上面散放着衣物，才使瑞元得以躲过浙军的搜捕。
事后，瑞元爬出水缸，查看外面已经无事，惊慌失措地连夜逃到华海，到华海，不得不说三个人，张静江，陈果夫 ，戴季陶，张静江，江浙湖州南浔镇的丝商巨贾之家，对先驱先生给予经济上的支持，先驱先生称他为“革命圣人”。陈果夫 ，二叔父陈其美，参加过辛亥革命、再次革命和讨袁之役。是瑞元盟师兄的侄子。戴季陶，早年留学东洋，参加同盟会。辛亥革命后追随先驱，参加了再次革命和护法战争。
在华海纠结了张静江，陈果夫，戴季陶，开设了一家交易所，经营一年时间，赚了几百万元。不久，先驱又找到了瑞元，让瑞元到汕头参加陈炯明的部队进军广州，有意让瑞元涉足军界。同年11月，瑞元与陈炯明不和怕再次遭遇“福建事件”，慌忙逃离回华海。瑞元回沪后，去拜会了黄金荣，黄金荣非常看好瑞元，好客地接待瑞元，期间有陆昊天，沈旭与瑞元较好说，这几天，瑞元都与他两在一起，出入酒吧，风雪场所，在风雪场所瑞元看好一位苏州美女陈洁如，逐与她较好，非常喜欢，瑞元十五岁结婚，有老婆叫毛福梅，不过只要有钱，二婚，三婚没关系，瑞元直接把陈洁如接到住处，“陈洁如，你不要出去干活了，我养你”。陈洁如也喜欢瑞元的帅气和有钱，也就同意跟着瑞元了。
后来，受先驱之命，瑞元返回广州，制定进军两广进而统一轩辕国的作战计划。突然，陈炯明在广州叛变，瑞元作为先驱的随从，与先驱一起，乘英轮经香港到华海。9月，瑞元撰写题为《大总统广州蒙难记》的小册子，痛斥陈炯明，歌颂先驱，深得先驱的信任。随即，即被任命为许崇智的第2军参谋长。先驱回广州设大元帅府，瑞元又被任命为大本营参谋长。后来，瑞元以 “孙逸仙博士代表团” 团长的身份去苏联考察。考察后回到广州，奉先驱之命筹建黄埔军校，稍后又被任命为革命军事委员会委员。瑞元嫌官小无权，就私自跑回华海。和先驱财务大头张静江诉苦。瑞元“增澄（张静江谱名），我跟着先驱走南闯北，可是权利都在那些老愚夫手上，在哪里没意思，还是华海好”。张静江把这句话传给了先驱，这其实也是瑞元的小把戏，先驱知晓后命他回广州，瑞元说： “我如果回广州，难道只能专心办学而不过问军事政治”？先驱马上又任命他为黄埔军校校长兼粤军总司令部参谋长，这样，瑞元才安心在广州呆了下来。黄埔军校成了他起家的资本。瑞元在黄埔军校，打着拥护先驱的三大政策，组织先文主义学会，其实为自己着想，培养自己势力。同年10月，广州发生商团叛乱，先驱命瑞元率黄埔军校学生军进行第一次东征。次年3月12日，先驱在北京病逝。
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