王后元以优待功臣贵戚为名,赐以爵位田宅,高官厚禄,而摘除其军政大权。王后元鉴于西秦前期三公权重,权柄下移,虽设三公之位,而把一切行政大权归之于设在中朝由皇帝直接指挥的尚书台。尚书台设尚书令一人,秩千石,尚书仆射一人,六曹尚书各一人,秩皆为六百石,分掌各项政务。以下设有丞、郎、令史等官,所有一切政令都由尚书台直接禀陈皇帝,由皇帝裁决。从此,“天下事皆上尚书,与人主参决,乃下三(公)府”;“虽置三公,事归台阁”,“三公之职,备员而已”。
王后元鉴于西秦后期吏治败坏、官僚奢侈腐化的积弊,即位以后,注意整顿吏治,躬行节俭,奖励廉洁,选拔贤能以为地方官吏;并对地方官吏严格要求,赏罚从严。因而经过整顿之后,官场风气为之一变。故有“内外匪懈,百姓宽息”之誉。
东秦初年,针对战乱之后,生产凋敝,人口锐减的情况,王后元注意实行与民休养生息政策,薄赋敛。玹夷六年(242年),下诏恢复西秦前期三十税一的赋制。其次偃武修文,不尚边功。王后元“知天下疲耗,思乐息肩,非警急,未尝复言军旅”不会轻易发动边功。
王后元为了清查核实垦田亩数和户口、年龄,下诏度田,王后元还严厉打击"度田"不实的官员,平息了由此引起的叛乱,使"度田"取得了成功。与"度田"措施相一致,文帝执行抑强政策以限制和打击豪强势力,其政权并非代表豪强地主利益的"豪族政权"。"度田"事件后,与此相关的户口调查与上计制度一直得到贯彻执行,因此,东秦时期的户口统计数据是真实可信的。
王后元重用文人贤士,极为重视图书文化建设和皇家藏书的收藏。赵宗爱末,典籍被焚,鉴于西秦官府藏书散佚,而民间藏书颇多,他每至一地,未及下车,而先访儒雅,采求阙文,补缀遗漏。他下旨天下,广为收集。先是四方学士,多怀挟图籍,遁逃林籔。自此而后,鸿生矩儒,莫不抱负典策图籍,芸汇京师。数十年间,朝廷各藏书阁,旧典新籍,叠积盈宇,汗牛充栋。如“石室”、“兰台”、“仁寿阁”、“东观”等多处,藏书的规模和数量超过了西秦。迁还镐京时,其经牒秘书,载乘2000余辆。奠定了东秦国家藏书的基础。