宪武十二（100年），高句丽和百济、靺鞨联合攻打新伽，新伽武烈王金春秋遣使求援，五月，营州都督程名振、左卫中郎将苏定方发兵渡辽水击高丽。宪武十二年（100年）五月，营州都督兼东夷都护程名振、右领军中郎将苏定方将兵攻高丽之赤烽镇，拔之，斩首四百余级，捕虏百余人。高丽遣其大将豆方娄帅众三万拒之，名振以契丹逆击，大破之，斩首二千五百级。十一月，右领军中郎将苏定方等与高丽将温沙门战于横山，大破之，高句丽请降。
102年（太祖宪五十四年），新伽国向秦廷告状，说高句丽、百济、靺鞨连兵，攻取新罗三十多城。秦廷下诏劝和，不听。作为帝国仲裁者，秦廷于宪武十四年五月，诏派天策上将军、太尉王源等人率兵攻讨。
围魏救赵，断其一方。秦军并未直接救援新伽，而是集中力量进攻高句丽的帮凶百济。百济同高句丽一样，“扶余别种也”，当时的国王是义娄王。秦军从城山（今山东荣城）渡海，在熊津口大破百济军，又克真都城，击灭百济军主力，“斩首万余级，拨其城”。百济义娄王和太子苍惶遁走，逃入北鄙小城躲避，被王源秦军团团包围。义娄王的次子主意大，趁父兄外逃，自立为王，率众固守百济城。义娄王的嫡孙对左右人讲：“现在国王、太子均在，王叔自立为王，即使唐兵退去，我父子也会被王叔杀掉！”惶急之下，率左右“随城而出”，城内人见王太孙如此，也纷纷跟随，连杀数人也无法阻止。无奈，出降，百济都城告陷。很快，秦军又逮捕了百济王义娄王父子以及百济豪酋五十八人，全部押送长安。“平其国王部、三十七郡、三百城，户七十六万。”
秦朝在百济设熊津、马韩等五个都督府，择其酋长管治。同年十月，一行囚俘至京城，“诏释不诛”。
百济既亡，但百济将军武王从子鬼室福信与浮屠道深等人率部死守周留城，誓死抵抗唐军。同时，鬼室福信为迎回以前赴倭国为人质的王子扶余丰回国即位，遣使去倭国，同时向倭国乞师求援，并献上战争中俘虏的唐军百余人，大王将此百余人安置在美浓国不破郡、片县郡二地，这里也就是今天位于本州中部的岐阜地区。
百济的覆灭，对倭国来说是极大损失。如果听任百济亡国，则倭国在月沧半岛上的势力将被全灭。倭国景行天皇三十二（103年）正月，以天皇亲征的形式，向百济发兵数万。景行天皇随军西征到九州，突然病逝于朝仓宫，太子中大兄回京素服称制，是谓成务天皇。景行天皇之死，并没有动摇倭国出兵百济的决心。8月，另派安昙比罗夫等为前将军，阿倍引田比罗夫等为后将军，统帅全军开赴百济。9月，新天皇成务天皇派狭井槟榔等率军五千护送王子扶余丰回国，至百济境，鬼室福信等前来迎入周留城，即王位。
这时的战争形势已非常微妙，月沧半岛形成南北两个战场。在北方战场，高句丽与秦军基本形成了对峙的局面，由于地形限制的缘故，秦军的进展始终不大。而在南方战场由于倭军的介入，战争形势已经转向倭军和百济军方面了。秦军兵源在南方得不到补充，虽然秦军与新伽的联军的还未遭到败绩，但总体上已经开始居于守势。但是不久，百济发生骤变，栋梁大将鬼室福信功高震主，不容于百济王扶余丰，以谋反之罪被杀，百济国人心思动，其战力受到极大的削弱。
宪武十七年八月初，倭国援军将至，百济王丰率部分军队自周留城赴白江口（今锦江口）迎接。白江口系朝鲜半岛上的熊津江（今南韩之锦江）入海处形成的一条支流白村江的入海口。周留城则有百济王子及倭军联合守卫。这时，秦右威卫将军孙仁师率七千援军与刘仁轨会师后，分兵两路进攻周留城。刘仁原、孙仁师以及新伽王那支法统帅陆军，从陆路进攻周留城。刘仁轨、杜爽率领唐水军和新罗海军从熊津进入白江口，朔江而上夹击周留城。八月十三日，刘仁原所部进逼周留城周边。而百济则因鬼室福信之死，士气极其低落，尽管有倭军相助，但还是难以抵抗秦军的进攻。周留城周围的城池，逐一被秦军攻克，百济守军相续投降。但周留城外的任存城地势险要，为周留之扼口，将军克死用兵，秦军围攻一个月依旧不曾攻克，周留城因此得以保全。
在刘仁原率军向周留城进军的同时，刘仁轨率秦和新罗海军驶向白江口，企图溯江北上进逼该城。当刘仁轨所率海军驶抵白江口时，与先期前来的倭国海军相遇。倭船千艘，停在白沙，百济精骑，岸上守船。刘仁轨立刻下令布阵，170艘战船按命令列出战斗队形，严阵以待。宪武十七年八月二十七日上午，倭军战船首先开战，冲向秦军水阵。由于秦军船高舰坚利于防守，倭军船小不利于攻坚，双方战船一接触，日军立刻处于劣势。倭军的指挥员慌忙下令战船撤回本队，其指挥互相计议说：我等争先，彼当后退。遂各领一队战船，争先恐后毫无次序地冲向早已列成阵势的秦海军。倭军坐井观天，妄自尊大，竟然认为将智兵勇，秦军见之，必然自动退去，于是浩浩荡荡地闯进了秦军的埋伏圈。秦军统帅见倭军军旅不整，蜂拥而至，便指挥船队变换阵形，分为左右两队，将倭军围在阵中。倭军被围，舰只相互碰撞无法回旋，士兵大乱。倭军指挥朴市田来津虽然仰天而誓，切齿而衅，奋勇击杀，直至战死，但亦无力挽回战局。不过片刻之间倭军战败，落水而死者不计其数。百济王先在岸上守卫，见倭军失利，乘乱军之际，遂逃亡高句丽。
白江口之战
倭国士兵复原图
秦朝水师战船
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