孙恩第一次登陆作战，由于低估了东晋政府的势力，而起义军大部分为军事素养很差的农民，没能有效的完成战略部署，惨败退回海岛。
东晋政府此时，对于会稽地区（今天江苏苏州一部分，浙江一部分地区）相当重视，这里已然成为了抗击起义军前沿阵地，司马道子便任命谢琰为这个地区最高长官，谢琰为谢安的儿子，家族影响力大，当年淝水之战的胜利与谢氏一族的努力是离不开的。谢琰此时就是司马家族的一颗定心丸，有谢氏族人去会稽，可以稳住乱区，说不定还能彻底平定孙恩，毕竟，谢琰是谢安之子，谢玄堂弟，他也应该是继承了优秀基因的人才。司马道子和东晋中央政府重要干部们都是这么认为的。
然而，想法是美好的，现实是残酷的。谢琰到了会稽，每天只是坐在官府里面，看看书写写字。会稽地区由于受孙恩起义的影响，农民生产生活受到了严重破坏，急需要政府部门安抚。谢琰表示这些问题不用理会。军事上谢琰也不做任何的部署，下属见状就向谢琰提了一个建议，说是可以考虑不用动武，用招安的方式解决孙恩问题。下属们深知长官每天悠闲自在，无所事事。孙恩若是来攻，我们是必败无疑，他死倒是没什么，主要我们也得跟着他玩完。这叫什么，叫遇上猪一样的长官，而你必须听命于他，命运被左右。悲催啊………
谢琰听完建议立即表示，你们在怕什么，当年北方佬苻坚比孙恩强多了，不是也败在我们手里了吗？放宽心，你们该干嘛干嘛，不要考虑这些问题，这些压根就不是什么问题，何必为小事而烦恼。下属只得无赖退去。
谢琰的自信倒是让孙恩暗喜。才停战一年（公元400年），便又卷土重来，目标指直会稽。下属们看情况如此危急，又向谢琰进言：我们应该加固城墙，严防死守。并派一部分人马埋伏，时机一到合围起义军。谢琰很不高兴，怒斥下属们长他人志气灭自己威风。
起义军推进速度很快，没过多久便到了会稽城下，一场恶战就要拉开序幕。谢琰那会儿正准备吃早饭，士兵慌慌张张地向他报告：“孙……恩……来了！”谢琰显得非常淡定，放下手中的米粥说到：“待我把孙贼灭了，再回来吃饭。”下属们都觉得长官这是作死的节奏。
谢琰穿上盔甲出了门，便骑上了一匹高头大马，拔出战刀，准备与起义军大干一场。士兵们看着长官身先士卒，心中热血也被点燃。本来有些消极情绪，此时也完全消失。下属恒宝作为晋军的先头部队，更是捷报频传。形势看似一片好。由于会稽湖泊分布多，道路窄，不利于人多行军。谢琰并没有注意到这个问题，带着军队一股脑的往起义军冲去。而孙恩敏锐地观察到了这个问题，便派士兵乘着船向道路上的晋军射弩箭，晋军一下就乱了，不少晋军被射杀。
谢琰双手紧抓马缰绳，死死的控制住有些受惊的战马，看着队伍前后被起义军分割开来，前顾不了后，后顾了前。大部分晋军士兵丢盔卸甲跳入湖中，被起义军任其宰割。谢琰那膨胀地自信心再也没有了，立即整顿人马，撤到千秋亭这个地方。起义军势头正盛，继续乘胜追击，双方又展开厮杀。
谢琰挥舞战刀奋力杀敌，此时，作为下属的张猛心里已经做出了决定，谢长官如果早早的采纳我们的意见，不至于败得那么惨。如今，大势已去。只有解决他，我才可以活命。张猛用刀砍断了谢琰战马马脚，谢琰跌落到了地上，摔的个头昏眼花。意识丧失的谢琰被起义军杀死，两个儿子也战死。恒宝被起义军围住，一番一番的轮流攻击，恒宝最终也不敌而亡。
孙恩攻下了会稽，大摇大摆地进入城中，起义军们喝酒吃肉一番庆祝。孙恩非常得意，对外宣称自己为征东将军，奉着上天的旨意灭东晋，他给自己的集团军编了一个道家词汇的名号，名叫长生军。孙恩再次发挥了宗教的号召力。
消息传到建康（南京），东晋社会舆论一片哗然，“什么，什么……孙恩攻下了会稽”。司马道子司马元显父子极度吃惊，朝堂上大臣们都在窃窃私语讨论着当下形势，唯有傻子安帝安静的坐在龙椅上，不明白出了什么事。
丢了会稽，意味着孙恩很快就会向着首都建康进军，这个问题就严重了。东晋中央政府迅速的调用王牌部队，北府军。北府军司令接刘牢之到命令后，马上就给下属们分配军事任务，整军出发。（刘牢之是急功求利之人，他先叛王恭，后背叛司马道子父子，最后落得个自尽收场）刘裕分配到的任务是守卫一座叫句章的（今天的浙江宁波一带）城池，句章在当时规模不大，人口不多。一般人守卫在这里，肯定会认为条件不具备主动攻击，严防死守就好了。刘裕出乎大家意料，他来到这里后，每次都是主动挑战起义军，数次胜利。起义军没有办法，只得暂时退军到了浃口（今天浙江甬江）。
刘裕非常严格的要求部队不准骚扰百姓，百姓们纷纷称赞刘裕，这个长官真是不错，打仗是一把好手，治军也不错，更关键的是爱戴我们。（刘裕阴笑道，你们都是利用的对象，我做这些更多的是给自己树立威望）
谢琰的失败简单来看，是他轻敌大意，他是很有军事才能的。淝水之战，他与堂兄谢玄一起抗击前秦大军，粉碎前秦南侵一统的计划。我们就得往复杂化去看，谢琰本就是高门子弟，淝水之战后，谢氏一族名震东南。谢氏族人们自身就有一种傲慢之气，再加上门阀思想。孙恩这种角色，谢琰自然不会放在眼中。所以，现实生活中用平等的眼光看待人是多么重要啊。
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