在这本小说中，“普罗米修斯”号的内部人员共分为两种，一种是“核心人员”，另一种则是“后勤人员”。
【核心人员（5人）】
核心人员通常是指那些直接负责战斗、导航、决策和战术规划的人员，他们对于战舰的运作至关重要。
［舰长］
鬼元吉（元吉大帝）（本书中的主要角色）
［副舰长］
戴恩佳（《哆啦A梦新番》）
“普罗米修斯”号上的舰长。来自未来世界的一台机器人，和哆啦A梦一样，属于拥有自我意识和独立思想的高性能机器人。但却是个堕落黑暗性机器人，经常做一些违法之事，在未来世界犯下了无数的大罪，因此被各地警方通缉。
讨厌甜食，武器为火枪、炸弹等。并且，戴恩佳还拥有一个特殊的能力：当他左手的中指和无名指自动打开时，里面便会伸出两个小小的机械手。
在哆啦A梦来医院检查身体时，戴恩佳来银行抢劫，被警察追捕。在逃亡中为避让一只过路的小狗而发生了车祸，因而遭到了破坏被警察逮捕了。
事后，戴恩佳被警察送进了医院接受治疗，并在治疗途中意外的苏醒了过来，发现了哆啦A梦。于是，戴恩佳便偷偷的利用哆啦A梦的道具——交换绳交换了身体，继而逃出了医院，来到了大雄家，认识了大雄。
在和大雄的相处中，戴恩佳慢慢被他的友情和热心感化，继而和大雄成为了好朋友。后来，在真正的哆啦A梦来找他的时候，戴恩佳和哆啦A梦发生了战斗。紧要关头，哆啦美和未来世界的警察们赶到，眼看哆啦A梦就要被抓走的时候，大雄冲了出来，阻止了警察，并认出了真正的哆啦A梦。戴恩佳被他们的友谊感动，然后便和哆啦A梦换回了身体，并自愿被警察带走。临行之前，戴恩佳被大雄对他所喊的那句“下次继续教我打球吧”留下了感动的泪水。
［军师］
中中怪（《开心超人联盟》系列）
“普罗米修斯”号上的军师。灰心星球最出名的“神算军师”，因为小小怪被大大怪误认为殉职，于是他便被灰心司令派来接替小小怪。从外貌上，中中怪是一副古人的打扮，初次登场时，右手手里还拿着一把紫色的蒲扇。中中怪自称“上知天文，下知地理，能知过去未来，能掐会算（考了灰心星球的按摩证和会计证）”，并且还熟读兵书、精通三十六计。中中怪的武器为“勾魂笛”（吹奏此笛后能释放出一种特殊的音波，凡是被这种音波击中的人都会被其控制，只有摧毁此笛才能解除控制）。曾经用勾魂笛控制了开心超人，并用“声东击西”之计将看守监狱的警力调离，然后在监狱里安置炸弹，企图把里面的地下组织大头目炸死，但因为大大怪发现小小怪还活着，导致计划被大大怪果断放弃。中中怪在和开心超人、小心超人的战斗中，用勾魂笛控制了开心超人，并且还诬陷小心超人为刺客，结果却中了“请君入瓮”之计。于是，中中怪便控制开心超人，并让控制后的开心超人去对付小心超人。最终，中中怪被小心超人打败并埋在废墟之下，生死不明。后来在《开心超人联盟之平行时空大冒险》中回归。
［科学家/工程师］
畸咕（《翼飞冲天之天际战骑》）
“普罗米修斯”号上的科学家与工程师。曾经是一名天才科学家兼宇宙罪犯，其真实身份为魔王畸咕利用畸咕碎片所创造出来的众多小分身之一。初次登场时，曾逃离“银河警备队”的监狱并侵入地球。畸咕本人非常重视露琪，经常会把露琪当成真正的女儿看待。最后改邪归正，并和露琪一起呆在了地球。
［侦查员］
黑羽快斗（怪盗基德）「电视动画《魔术快斗》、电视动画《魔术快斗1412》、漫画《魔术快斗》、《名侦探柯南》（客串）」
“普罗米修斯”号上的侦查员。真实身份为第二代“怪盗基德”，同时也是工藤新一（《名侦探柯南》主人公，现化名江户川柯南）的亲堂弟。年龄为17岁，是江古田高中2年B班的学生，拥有易容、变声、逃脱术等才能。性格上是一个阳光、开朗、调皮、幽默、爱捉弄人、绅士（对女性）、乐于助人（包括对手）的人。
在剧情刚开始的时候，快斗突然发现其8年前去世的父亲“黑羽盗一”就是“怪盗基德”。于是，他为了找出杀害父亲的凶手，便成为了第二代“怪盗基德”，并通过大胆的盗窃行为来调查父亲的死因。后来，他发现自己的父亲是被“神秘组织”所暗杀后，便与“神秘组织”为敌，并试图瓦解其阴谋，找出传言中能流出长生不老眼泪的诅咒宝石“潘多拉”。
【后勤人员（6人）】
后勤人员负责支持战舰的日常运作，包括非战斗职能。
［医疗官］
海大星（蓝十字）（《魔角侦探》系列）
“普罗米修斯”号上的医疗官。原先是乌贼城医院里的一名医生，后来不知何种原因成为了金枪鱼镇医院里的一名外科医生。他不仅是一名医生，同时也有着另一个身份，那就是“光明之眼”的成员——“蓝十字”。同时，他也是3000A的缔造者之一。他最拿手的就是“八刀流”，手速能达到每秒20次。
海大星这个人，不仅精通机械，会制作炸药、各种机器以及氧化药水，而且精通医学，医术高超，会制作毒气，会催眠术，精通植物学……简直就是真正意义上的“迷糊天才”。
在《迷糊天才海医生》中，海大星展现出了不为人知的一面——侦探爱好。在《永别3000A（三）》中，海大星露出了自己的真面目，并取走了霍星体内的动力核，在他的体内装入了炸弹，但炸弹却被黑化的齐乐天给扔了出去（这疑似也是海大星安排在内的）。最终，在齐乐天众人的努力下，成功吓跑了有角一族，而海大星也在慌乱之时，不小心掉入了光明之门，生死未卜。
［保姆］
露莉（B-0625 ）（《哆啦A梦特别篇：爱上大雄的美少女》）
“普罗米修斯”号上的保姆。“露莉”系列中的保姆机器人之一，编号为B-625。在剧情中，她在表面上是由于未知原因来到了大雄家；但在实际上，她是被以沃尔瑟为首的邪恶组织所派来的一名杀手，其真正目的是暗杀大雄——因为大雄在奔跑时不慎被一块石头绊倒，那块石头在大雄被绊倒之后，正好被踢到了一只青鸟的嘴里。随后，那只青鸟便和嘴里的那块石头一起来到了镇上。当青鸟嘴里衔着的那块石头从天上落下来的时候，那块石头打翻了一位女士的咖啡，而杯里的咖啡正好倾倒在了电脑上，并在偶然间把电脑病毒传到了沃尔德祖先的电脑上，破坏了沃尔瑟祖先正在开发之中的用于征服地球的导弹的数据资料。由于暗杀计划不如预期中顺畅，在露莉与大雄一天天的相处中，露莉逐渐对大雄产生了感情。因此，以沃尔德为首的邪恶组织就乘坐着最终兵器“T-800”（终结者），打算彻底消灭大雄。最终，露莉为了保护大雄，在替大雄挡下了终结者的攻击之后而死亡。露莉这个人嘴很甜，很会夸人，并且擅于发现别人的优点。很有正义感，在关键的时刻挺身而出，为了大雄和地球的和平甚至牺牲了自己的生命。
露莉的必杀技为“露莉旋转”。在用这个必杀技给别人吹凉的时候，露莉会以自身为中心开始旋转，并刮起强大的龙卷风。而当露莉用这招揍人的时候，能够将目标甩飞（将胖虎和小夫摔飞，并砸到了老师）。但是，由于露莉没能控制好这一技能，因此引发了不少麻烦。
［厨师］
卷卷（漫画《宫保吉丁》）
“普罗米修斯”号上的厨师。表面上是“火锅山庄”的庄主，其真实身份为“暴食会”的成员之一，同时也是宴先生的御用厨子。事实上，卷卷并不是“火锅山庄”的庄主，而是因为爱德华为了让宴先生在“火锅山庄”修养身体，便强行占领了“火锅山庄”，并让卷卷成为了“火锅山庄”的庄主，而“火锅山庄”真正的庄主——松蓉蓉的爸爸妈妈则是被宴先生给囚禁了起来。
［帮厨］
鱼丸君（漫画《宫保吉丁》）
“普罗米修斯”号上的帮厨。表面上是“火锅山庄”的向导，实际上和卷卷一样，是“暴食会”的成员之一。接触热水之后，就会变身成一个巨大的热气球。
［守卫］
幸子（《哆啦A梦新番》）
“普罗米修斯”号上的守卫。来自未来世界的“好朋友机器人”，其特征是头的后面系着一个红色的丝带型开关，拉动丝带的一端就会停止运行。虽然幸子从外表和行为上看起来都很可爱，但是她的脾气却特别暴躁，甚至对动物都会有强烈的嫉妒心和执着心。当她看到自己只喜欢的那一个人（比如大雄）跟某个女生卿卿我我、或者是看到自己只喜欢的那一个人被人欺负之类的事情的话，便会不分青红皂白地发挥出百万马力进行蛮力攻击。幸子的反应能力特别快，曾在胖虎朝着她和大雄所扔出去的那个球即将砸中她的一瞬间就察觉到，并迅速接住了那个球，甚至直接将双手接住的那个球给瞬间弄爆了。最后，哆啦A梦急忙将其送回了未来。
［卫生员］
露琪（《翼飞冲天之天际战骑》）
“普罗米修斯”号上的卫生员。畸咕所制造出来的人造人女儿，性格上调皮捣蛋、不分对错，专门命令生命体如何更好的打斗，后来改邪归正，并和畸咕一起留在了地球。露琪的背后有一对黑色的蝙蝠翅膀，肩上则是扛着一个类似于恶魔的小包。这个小包不仅能够用来回收畸咕生命体的残骸，而且，当她本人或别人进入这个包里的时候，这个包就可以把她本人或别人带到她想去的地方（当然，如果她和别人一起进入这个包里的话，也是可以的）。除此之外，露琪还喜欢看《甜心小芯》（而露琪的样子原本就是以其中女主小芯的演员为原型）。
【人员组织架构图】
舰长：负责整艘舰的领导；
副舰长：辅助舰长，可能负责某些具体事务，或在舰长缺席时代行其职责；
军师：负责出谋划策、战术规划和作战指挥；
科学家/工程师：负责战舰的技术维护和科学研究；
侦查员：负责情报收集和分析；
医疗官：负责舰内人员的医疗健康；
保姆：负责家政劳动服务；
厨师：负责准备食材并制作美食；
帮厨：辅助厨师进行食材准备以及制作美食；
守卫：负责安全和秩序维持；
卫生员：负责清洁和维护环境卫生。
（注：除了元吉分别是“时空军团”和“神圣会”的总头领与会长、畸咕和海大星是“时空军团”的成员之外，其余人员虽然不是“时空军团”以及“神圣会”的成员，但他们依然在元吉的编制之内）
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