游戏剧情

最初，“巢”中出身的卡门（C，Carmen）提出了灵魂治愈疾病（心理疾病，不为自己而活下去）的方法（光之树计划的雏形），她明白，仅靠自己的力量是没有办法完成这一项计划。她便找到了Ayin（艾因，也是后来的主管x），并且确信艾因有着足够坚强的意志可以帮助她完成她的计划。不久后，本杰明（B，Ayin的学生）随着艾因的步伐加入了研究所。再后来，接受了很多来自“巢”的人，包括伊莉雅（Elijah，即Malkuth生前），加百列（Gabriel，即Yesod生前），乔凡尼（Giovanni，即Netzach生前）和米歇尔（Michelle，即Hod生前），以艾因和卡门为核心的团队就此成立。在此之后卡门在“后巷”西区主动找到了当时作为的二阶收尾人的卡莉（Kali，即Geburah生前，在进研究所之后就觉醒了自己的EGO护甲，同时拥有了拟态的原型EGO武器，此后便成为了色彩级收尾人“殷红迷雾”，Red Mist）。阴差阳错之下，认识了当时作为“巢”中大家族出身的社会精英丹尼尔（Daniel，即Chesed）。此后为了躲避“首脑”手下的“眼线”和“爪牙”追捕搜查。将研究所搬到了“郊区”。后来，又在“郊区”捡到两个孩子丽萨（Lisa，即Tiphereth A生前）和伊诺克（Enoch，即Tiphereth B生前）。

不久后，在一次实验（即创造“水桶”）前夕，伊诺克希望代替卡门这个最佳人选参与实验，结果实验不幸失败，伊诺克死亡。为此，一直把伊诺克当做哥哥的丽萨憎恨卡门，也使得卡门的心灵开始崩溃，并且刻意的在艾因及其他研究员面前隐藏自己在割腕的事情，最终卡门因自责割腕而死。研究员们心中的太阳陨落。失去导师后艾因也开始封闭自我，精神也逐渐走向崩溃。后来，伊莉雅为博得艾因的重视，在未经允许的的情况下，窃取实验室钥匙并强行给自己注射了本不打算给人使用的Cogito，不幸导致了自己死亡。作为实验室负责人的加百列，选择以自己的理性来压抑情感，但因为过度的压抑导致的心理压力过大，不断撕扯自己的双臂，最终将自己撕烂，死于心理压力。他们两个死后，艾因提出了一项可能可以复活卡门的实验，乔凡尼作为卡门的发小，是唯一一个主动参与的人，用自己的身体帮助艾因调试Cogito的计量，实验失败后，作为病人的乔凡尼死亡。年龄最小的实验员米歇尔因同事接连死亡后，感到十分害怕，希望能结束实验，将研究所的情况透露给“首脑”，成为了一名“眼线”，当她得知“首脑”杀进了研究所并几乎杀光了她曾经的同事后，因愧疚上吊自杀。“首脑”在得知情报后，作为“首脑”之一的调率者（Garian，即Binah生前）开始了抹杀行动，丹尼尔阻止调率者释放异想体未果而亡，卡莉为了保护卡门所留下的一切，履行了她的诺言，在失去右眼和左臂，双腿骨折的情况下，强行将调律者钉在墙上后牺牲。随后，艾因和为寻找躲避“首脑”成为“世界之翼”的方法，挖开了调律者的脑袋，取走其大脑。不久后本杰明和艾因制作的以卡门为蓝本的AI Angela（原本艾因是想用Angela代替卡门的，但Angela不是她。以致于艾因将她当做机器看待）。本杰明无法忍受自己的导师脱离本心，多次劝阻无果后选择离开。

本杰明走后，艾因创建了自己的一个团队，但他并不信任他们。随即成立了脑叶公司，把伊莉雅，加百列，米歇尔，乔凡尼，丽萨（伊诺克的盒子只不过是做出来安慰丽萨的），卡莉，丹尼尔，调律者制成Sephirah（各部门的部长），并将本部转移至地下，同时计划了以完善光之种计划为基础的剧本，而Angela是这出戏的旁白。在此之后，艾因选择了死亡，让Angela用自己的碎片不断地复制创造出X以完善光之种计划。

此后不久，本杰明潜入脑叶公司（他的潜入似乎是艾因已经料到的），被Angela发现后做成了Hokma。除了Angela以外，其他部门的部长全部都是盒子精。玩家也就是主管X作为艾因的复制人之一，一直在完善光之种计划，也就是通过抑制核心让光之种发芽，包括自己的三个碎片在内是10个。控制部部长Malkuth（昂首阔步的信念），情报部部长Yesod（卓尔不凡的理性），培训部部长Hod（愈加善良的希望），安保部部长Netzach（生存下去的勇气）中央本部部长Tiphereth（存在意义的憧憬），惩戒部部长Geburah（守护他人的决意），福利部部长Chesed（值得托付的信任），研发部部长Binah（直面恐惧，斩断循环），记录部部长Hokma（拥抱过去，创造未来）以及构造部部长Kether（A的三个碎片。纯真的自我），完成后光之树达到100%。随着50天的结束，我们（玩家）才知道自己真正的名字是艾因，随即也就化为的光之树一部分消失了（追随卡门消失了）。此时，作为秘书AI的Angela已有最高权限，想要夺取完整光之树，以此向世界复仇让自己获得自由，活下去。Binah帮助Angela夺取光之树，所有部长及其部门员工拼死抵抗了三天，让光之树散播了三天的光（白夜黑昼），迫于自身力量所限，最终还是同意了Angela提出的交易，不久之后，Angela便在L公司设施的基础上，建立了图书馆。