公元2013年。
这里是乱世地区的奇岩之国，一国之主氏康绝望的命令庞岩怪对自己使用岩石封锁，奇岩之国灭国了。现在的乱世地区也逐步走向统一。
乱世地区：
奇岩之国：
虽然说岩石系并不被火系克制，但是火焰之国仍然把奇岩之国拿下了。现在的火焰之国可谓是一代霸主，坐拥着拳斗、大地、奇岩、夜叉五国的领土。北方的神龙之国也一时兴起，将吹雪、御灵和不屈收入囊中。如今的飞翼之国好似二战时期的波兰，被南北两个大国虎视眈眈地望着。其他的小国互相签订了盟约，不会互相干扰。
火焰之国：
公元2022年。
坐落在泉水之国与青叶之国边境的一所宝可梦学校，经常被青叶之国和泉水之国抢来抢去。在这所学校中，可谓是“人才”辈出。
“呜啊——终于写完作业了！！”初二3班天鱼感慨道，“话说在宝可梦的世界里，我们怎么还要学习啊？也不知道没有宝可梦的世界里，会有什么样的故事。”天鱼走向楼下。
天鱼爸，妈，我写完作业了。晚上吃什么啊？！
三石（天鱼的爸爸）写完作业啦？来，我考考你。
天鱼的爸爸三石可是青叶泉水两国之间有名的生物学家，承担着两国生物技术发展的重要职责。要不是最近总部给三石放了几天假期，他现在还在科研室呢！
天鱼来来来，我可是学校里的生物优秀常驻选手，有啥问题放马过来！！
三石（天鱼的爸爸）好。问你，怎么保证桃桃果的甜度高？
天鱼这个简单。植物体在获取有机物之后，会将有机物和氧气在有呼吸酶的情况下于线粒体内通过呼吸作用转化成水、二氧化碳和能量。所以只要抑制植物的呼吸作用，就可以减少有机物的散失，提高甜度。抑制呼吸作用的话......哦！降低温度，抑制呼吸酶的活性。
天鱼确实没有撒谎，他在学校的生物成绩可是在班里数一数二的。但是生物的难点，不在植物，而是在各属性宝可梦的器官上。比喻火系宝可梦的火囊、飞行系宝可梦的翅膀、钢系宝可梦的皮肤等等。
秀子（天鱼的妈妈）嗯，不错，答对了。今天晚上就吃醋溜桃桃果和凉拌橙橙果，还有大奶罐的哞哞鲜奶呦~
天鱼耶！太好了！终于不用喝鲜榨墨梅果汁了！
天鱼的妈妈秀子是一名烹饪学生。在创业失败后，重新回到学校，学起了烹饪学。
匆忙吃过晚饭，天鱼终于品起了哞哞鲜奶。“啊——这久违的味道。”
天鱼决定出门溜溜湾。至今为止，他还没有一只属于自己的宝可梦呢！但自己却是一名不折不扣的学霸，尤其是在老爸的帮助下，生物的成绩一直在70分满分的水平。今天出门，走到学校附近，天鱼突然听到一声怪声，原来是森林里发出来的，天鱼向里望去一颗宝可梦蛋正从高空中坠落，眼疾手快的他迅速用树叶搭了一个缓冲垫，救下了这颗蛋。天鱼仔细观察者这颗蛋。“enmm......依我看，我看不出什么名堂，应该让老爸帮我分析分析。”天鱼带着蛋往家走去。
天鱼老爸，我找到一颗宝可梦蛋，您帮我看看。
三石（天鱼的爸爸）嗯，来我的实验室。
三石的实验室位于天鱼的卧室旁边。虽然挨得很近，但是老爸很少让天鱼进来参观。穿过实验室炫酷的大门，来到实验室内部。模型柜上摆着各种宝可梦化石，许多奇奇怪怪的仪器靠着墙边摆放着，书架上全是关于宝可梦的书籍，有一部分是三石自己写的。书桌上摆着几张草稿，应该是他还没出版的研究报告。天鱼注意到，实验室里出现了一个新的仪器。
天鱼老爸，这个新的仪器是什么啊？
三石（天鱼的爸爸）这个是显微镜，可以看到我们肉眼看不到的的世界。我们刚研发出来不久，还在测试使用中。
天鱼哇哦，那一定很厉害吧！让我试试看。
三石（天鱼的爸爸）正好你可以学习一些关于微世界的知识。来，你先......
（经过三石细心地教导，天鱼很快学会了使用显微镜）
天鱼太好了！原来微世界这么神奇。钢系宝可梦的皮肤之所以那么坚硬，原来是因为它的上皮细胞充满了金属啊！
三石（天鱼的爸爸）没错。希望你可以保持着对生物探究的热爱。
天鱼对了，宝可梦蛋怎么样了？
三石（天鱼的爸爸）哦对了，差点给忘了。我先用激光笔看看里面小家伙的身体状况。
（三石拿起了激光笔，对着蛋里的小家伙照了照）
天鱼怎么样，老爸？
三石（天鱼的爸爸）嗯，小家伙身体状况很好，心脏很有节奏的在跳动。里面的温度较高，小家伙好像长出了火囊，应该是个火系宝可梦。
（激光笔照到了奇怪的地方）
三石（天鱼的爸爸）嗯？这是......
激光笔照到一个地方，那个地方的蛋壳上写着“‘成都火箭队总部’奉上—给秀吉”。
三石（天鱼的爸爸）看来是远在成都的火箭队给火焰之国首领秀吉送的，却不小心落到了你的手里。
天鱼这......那我这是幸运还是不幸？
三石（天鱼的爸爸）你这是不幸中的万幸，火箭队可能会来报复，但这只宝可梦的强度很可能高的惊人，最好小心为妙。
天鱼哦.....
三石把蛋放在了保温器中，随后转身，好像在给谁打电话：“总部，火箭队竟然......”
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