一年前被写到组织的任务除了要暗杀赤井秀一之外，还要在一年之内完成一个重要的软件。
毛利小五郎因为执行侦破了杀人案受到了各方追捧采访时，的虽然帅气到无以复加，但依然无法掩饰他的沙雕特质。
而一旁的小男孩还在为找不到黑色组织的线索而发愁，正当担心之际，三个游戏公司的职员来找到大叔委托他帮忙找到接下他们三家从游戏开发的系统工程师板仓。
这私活接的可以啊！一个人接三份程序，大佬果然牛逼！
毛利推测会不会有人将其绑架了？而这板仓的员工觉得有这个可能，他两年前在板材的工作室碰到一个神秘人，长着浓密胡子、穿着黑色西装操作、浓烈关西腔的哥斯拉人！
柯南瞬间心中已经想到一个人—龙舌兰。
而这个程序员大佬最近失踪了，柯南惊奇的发现这个人竟然与黑色组织成员龙舌兰有着千丝万缕的关系。
经过一番电话洗盘式的操作，众人找到了藏在米花酒店的板仓，然而赶到后却发现他已经身亡。
唯一留下的线索是一个日记磁盘，找大叔探案的三个人成了主要嫌疑人。
委托开发围棋游戏的小帅、象棋游戏的大海和象棋游戏的大山，死者死于突发性心梗死亡，时间已经有两天了。
经过调查发现，板仓的心肌梗塞是有人故意引导所致，他原本就有心脏病，凶手时使用安眠药迷晕他，再把他绑到椅子上使其心脏病发作时无法吃药保持身亡。
此时的柯南同学看出了端倪，地上的棋盘已经揭露了全部真相。
原来板仓在临死前用脚趾留下了死亡讯息，在犯人看不懂的围棋留下了点子形状，证明犯人是大山，证据是手表。
大山五天前买的手表留下了本不该有的板仓指纹，大山道出了他的作案动机，原来两人是有着共同梦想无话不谈的好基友。
希望有一天可以合力做出最强的游戏，大山为了曾经的本仓还抛下面子借钱给他，花了二十年来寻找各式各样的棋谱。
但板仓靠CG游戏出名后一直拖着他，还在最近的交谈时说他的将棋游戏是垃圾，侮辱谁都行就是不能侮辱他呕心沥血的梦想，于是他忍无可忍的大山杀害了板仓。
看来人心和梦想都是会变的，在这里我愿大家都不要忘记自己的初心。
案件结束后获得主线任务，隐藏道具板仓的日记本。
这里记录了他五年内的所有事情，对和龙舌兰的交情也一定会有记载。
此刻的日记已经被柯南的小手捂的热乎乎的，他已经按耐不住心中的激动。
但旁边的小兰却淡淡伤感，人心真的会变吗？
每天只能等着新一感觉真的好痛苦啊！如果柯南是新一就好了，自己和新一未曾爱差点就已失恋。
原来她体验的痛苦竟是这般无奈和心碎，但柯南却是无能为力。
就在这时，赤井秀一从远处的电话亭走了出来。
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