黑色组织的顶级科学家宫野志保通过父母留下来仅剩的研究资料制作出了一种名为aptx4869的药物，在这里我们简称为a药。
组织里拿a要当毒药使，灌下去之后会使人不留痕迹的死亡。
不过还没有正式的开始开发完成，在用小白鼠的实验阶段时，其中有一只小白鼠并没有死亡，而是神奇地退回了幼年时期。
同时在服用aptx4869的名单上只有工藤新一一人的生死情况是不明的，两个月后宫野志保带领组织成员秘密来的工藤新一的豪宅调查。
志保觉察到虽然灰尘满满，但是工藤新一小学时期的衣服全都不见了。
于是她联想到小白鼠退化成幼年时期，这个情况很像和姐姐之前和她提到过的小侦探江户川柯南，脸上露出了一丝意味深长的笑容。
返回组织后志保却将新一不明改成了死亡并签署了自己的代号雪莉。
这天柯南一家来到银行存钱，一旁的柯南小朋友无所事事，注意到了银行的漂亮小姐姐广田雅美看了好几次手表，好像有约会的样子。
果然没过一会儿，就离开了。
无聊的柯南走出了银行，突然一道玻璃破碎的声音从后方的停车场传了过来，只见两个黑衣人竟然在光天化日之下胁迫一名警卫抢劫运钞车，而另外两名警卫已经瘫倒在地。
此时，小兰姐姐的声音在身后响起。
两名劫匪匆忙上车夺路而逃，身后柯南独自一人踩着滑板追了上去，无奈前方车子开得太快，柯南亮出了飞越铁轨的技能也没能追上。
回到银行，劳模目暮警官已经来到了现场，透露这次的抢劫金额竟然高达十个亿。
那位被劫持的警卫透露当时劫匪有枪打碎了运钞车的玻璃，他第一时间向驾驶的同伴求助却没有回应，无奈之下只好打开后车门。
可柯南一听到声音立马就赶到了现场，这时的警卫已经在运钞了，根本就没有求救的时间，这名警卫分明就在撒谎。
随后警方在一个河边发现了劫匪遗弃的轿车。车上除了一些装钱的空箱子，还找到了两副面罩和手套，却检测不出指纹。
不过柯南在其中面罩的内侧发现了一道疑似口红的痕迹，于是便凑上去闻闻是否有女人的芳香，不料却被后面的毛利大叔来了个脑瓢。
或许不是一起单纯的抢劫案！
就这样静静地过了几日，某天一个戴眼镜的妹子，来到毛利事务所。
女生名叫广田雅美，她表示来东京开出租车的老爸已经数个月了，因此请求毛利帮忙调查。
可是在调查过程中柯南发现问题所在，广田雅美｀老爸广田健三、兄弟广田明是一组抢劫团伙。
前几天报纸上报道的十亿元抢劫案，就是这组团伙作案！
最后抢劫案的元凶应该是广田雅美，雅美口中所说的来东京开出租车老爸实际上是为了练习逃跑在一遍一遍的熟悉道路的人，而另外两人为了找到他的下落分别假装成广田健三的亲人雇佣侦探找寻。
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