3大主角队伍回顾：
Momo
（⭐注:未提到被大木博士改装的多边兽，剧情上设定在本文两部分交替过程中已被Mo在修复代码之后用正辉的传送系统送回到大木研究所）
杰斯
安达
新篇章涉及原剧情线索回顾：
❶魔族线：来到关都地区寻找大木博士帮忙的Momo、别过鬼怪小镇寻找安达的杰斯，这样的二人在机缘巧合之中相遇，接着又在与次元神『魔族胡地』给出的挑战中，寻找到了久别多年、被封印在睡梦之中长眠已久的安达，并且也见识到了拥有『魔族血脉』的杰斯『魔族觉醒』后的样子！！
❷黑帮线：杰斯与安达初到神奥之时，最先前往的是真砂镇的山梨博士研究所，在此山梨博士向大家介绍了『神奥地区拥有1800余年历史的黑帮』——『黑白团』，而在杰斯提到『Momo这个人』时，山梨博士大惊失色，这又与黑帮有何联系？而且在二人与阿彻穿越到古代的神奥也就是『洗翠地区』的时候，又遇到了久别的『火箭队调查组组长索隆』，他又与黑白团有什么关联？
❸寻人线：紧接着魔族线的剧情，在三人相遇后，这三人却被列入了『关都ROCKET团』的追击范围之内，情急之下明知山有虎偏上虎上行的三人决定前往『金黄市火箭队窝点』背水一战，在此遇到了『火箭队员 萨姆拉』，她手上的却全部都是『阿罗拉』地区形态的宝可梦……在此后，成功挑战了『金黄市馆主 娜兹』的Momo，收到了馆主的委托：“萨姆拉她是我在阿罗拉的表妹，如今听说火箭队正在『城都』搞一个什么『R计划』，她大概也在城都，你能把她重新引上正道么……”最终决定接受了委托的Momo将任务拜托给了『正身处城都地区』的杰斯和安达身上……
❹第一部分的Mo主线：从『Akhan的次元』返回的Momo，被重重『不适感』包围，在海边小屋中终找到了源头——双弹瓦斯，在处理了双弹瓦斯之后，Momo在正辉的电脑中找到了不适感的来源，并暗中帮助正辉『将有漏洞的代码修复』，原本的『三大次元』终于『合于一统』，而Mo也决定『继续集齐徽章』，准备关都地区联盟挑战……
……
“你的痛苦很快就要结束了，你的愤怒、不甘心、悲伤，所有的情绪我都帮你平复……”
「什么？」
在龙之谷睡着的渡，在冥冥之中听见这个声音。
“你不用担心，这只暴鲤龙我会好好培育它的，就像快龙一样，我会把它当作我的朋友……”
「快龙？……是指我的快龙吗？」
「还是……什么？」
没有回响，幽梦中的周围一片死寂……
「可恶！在我自己的梦中，我还不能做到一切？刚刚那个声音，你究竟是谁？」
仍无回响。
黑暗中，难以破晓的叫嚷愈发显得苍白无力……
第二部分『杰斯的魔都』：开启😈
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