黄金十二宫篇
教皇亚历士见众多的白银圣斗士亦不敌星矢他们一班青铜圣斗士,终于,连黄金圣斗士也要出动了。狮子座的艾奥里亚因要为哥哥艾奥罗斯洗去污名,因此自愿出发。穿上了人马座黄金圣衣的星矢仍然不是艾奥里亚的敌手,幸得沙织以女神的身份出现,再加上艾奥罗斯的灵魂帮助星矢,艾奥里亚终于明白真相,返回圣域找亚历士算帐。
紫龙在巨蟹宫遇到了邪恶的迪斯马斯克,更被他打下黄泉。同时迪斯马斯克发出念动波攻击祈祷中的春丽,紫龙因此而爆发他的小宇宙,把连巨蟹圣衣亦离他而去的迪斯马斯克打败并回到人界。这时星矢已到达狮子宫,再次与被操纵的艾奥里亚对决。因为卡西欧士为星矢挡了光速拳而牺牲,所以艾奥里亚受感动而回复本性。接着星矢、紫龙、瞬来到处女宫,此时一辉赶来。一辉和沙加一起去了十万彼方(异空间),一同消失于夜空中。
在天秤宫,众人见到被封于冰柜中的冰河。就在这时,天秤圣衣出现,紫龙用其中的剑将冰河救了出来。来到天蝎宫,米罗和冰河发生激战。到最后,米罗终于知道他们保护的乃是真正的雅典娜,所以点了冰河的真央点,回复了冰河的五感。人马座圣衣突然飞往人马宫,引领星矢他们看见艾奥罗斯的遗书,使青铜圣斗士们充满斗志,阿布罗狄把白色的索命玫瑰射入瞬的心脏,而瞬的星云气流转为强劲的风暴,两个圣斗士双双倒在玫瑰花瓣中。这时魔铃来到昏迷中的星矢身旁,帮助他到达教皇厅。在这里,星矢面对的是教皇的两副截然不同的面孔——善良的指引他拯救女神的面孔和邪恶的一心要杀死女神的面孔。原来教皇就是拥有双重人格的双子座黄金圣斗士撒加.星矢必须战胜邪恶的撒加,才能使女神得救。就在这千钧一发的时候,一辉(六感)在沙加的帮助下回到了处女宫,并且急速奔向教皇厅。得到众人帮助的星矢觉醒了七感小宇宙击晕了邪恶撒加,并拿到了雅典娜之盾,撒加恢复了善良为了赎罪并自我了断。
北欧篇
身为北欧亚斯格特之神奥汀的地上代行者希露达,受到黄金戒指魔力的影响,由以前善良的少女变成现在一心要占领圣域的邪恶女王。她唤醒了传说中的七个神斗士,并向圣域挑战。于是星矢他们再一次出发,远赴极北之地亚斯格特。女神雅典娜为了世界各地不致发生水灾,所以暂代希露达在严寒中祷告。而星矢他们则要在十二小时内,打败七名神斗士并赶赴华鲁赫拉宫,将希露达从魔力中救回。
星矢、紫龙、冰河、瞬、一辉先后击败六名神斗士,现在剩下最强的神斗士双头龙积弗里特。众人激战一轮后,海魔女特然出现,并说出一切真相,原来一切都是海皇的阴谋。于是积弗里特在忿怒中抱着海魔女一同消失于空中。星矢在得到奥汀神的帮助下,穿上奥汀神斗衣,把希露达从咒语中解脱出来。但是正当众人迎接雅典娜的时候,海面特然括起大浪,把沙织掳去。