1997年,魔法界的形势十分严峻,伏地魔麾下的食死徒公开进行活动,谋杀、失踪和破坏时常发生。
几名食死徒在霍格沃茨六年级学生德拉科·马尔福的安排下(担心自己和家人的生命安全,被迫为伏地魔效力)进入了学校,攻击了学生和老师。
校长阿不思·邓布利多被西弗勒斯·斯内普杀死(西弗勒斯·斯内普是遵照了阿不思·邓布利多的指令)。
这场"可怕"的悲剧之后,米勒娃·麦格教授被任命为代理校长,尽管学校的安全岌岌可危。
霍格沃茨不一定还会继续开放。教师们同意遵循"既定程序",并让校长最终决定怎么做。
最终学生们出于安全和恐惧的原因被家人带离校,他们担心即使是被誉为魔法世界最安全的地方霍格沃茨,也不再免受伏地魔的伤害。
原校长邓布利多一死,伏地魔的势力越发强大,建立了新的军事要求,他掌控了魔法部,不管代理校长的决定如何,西弗勒斯·斯内普按照伏地魔的指令成为了新校长,学校将继续上课。
因此所有少年巫师都必须进入霍格沃茨学习。
同时,学校要求学生提供血统证明,表明他们已向魔法部证明自己的巫师血统,才能获准入学。
这样,伏地魔就能把所有的巫师从小就置于他的监视之下,同时清除麻瓜出身者,包括那些在收到通知前并不知道自己是巫师的十一岁的孩子。
他们可能永远也见不到霍格沃茨,甚至永远也见不到自己的家人。
在食死徒的控制下,麻瓜研究变成了必修课程,但主要讲述麻瓜们如何卑鄙恶劣。
而黑魔法防御术课程则变成赤裸裸的黑魔法课,高年级学生被迫向低年级学生施咒。
西弗勒斯·斯内普被任命为校长,而阿莱克托和阿米库斯·卡罗则分别成为麻瓜研究和黑魔法课的教师,同时也成为斯内普的副校长。
这是一段及其恐怖的黑暗时期,没有人有把握说谁是朋友,而谁又是敌人。
1998年,黑魔法防御术教师由阿米库斯·卡罗接任,麻瓜研究教师则由阿莱克托·卡罗接任(两人均为伏地魔指定的食死徒)。
哈利·波特、罗恩·韦斯莱、赫敏·格兰杰三人逃学去寻找并摧毁伏地魔的魂器。
后来,哈利·波特回到霍格沃茨,摧毁最后的魂器,伏地魔得知后,率全部食死徒和巨人赶来,霍格沃茨的许多学生、教职员工、家长、毕业生和朋友在学校需要帮助的时候挺身而出,保护学校,其中包括臭名昭著的恶作剧鬼皮皮鬼。
5月,霍格沃茨之战开始,当时最臭名昭著的校友之一汤姆·里德尔(当时更广为人知的名字是伏地魔)返回攻击学校并制服或摧毁了其防御者。
伏地魔声称他无意伤害学校或其学生,但他和他的食死徒没有放过任何反对他们的人,并在他们的袭击中鲁莽地破坏了学校。
西弗勒斯·斯内普因老魔杖的归属问题,遭到伏地魔杀害(西弗勒斯·斯内普其实是凤凰社的间谍,为阿不思·邓布利多效力,但伏地魔并不知道这一点),最后多亏了哈利波特,摧毁了全部魂器,在最后决斗中杀死伏地魔,他的食死徒也永远解散了。
最后米勒娃·麦格成为了这所学校的校长,哈利被誉为真正的英雄,带领众人取得霍格沃茨保卫战的胜利。