在经过了与猛兽使者小明邂逅，和在宝可梦研究学校经历后，小智和皮卡丘在一处森林里迷路了。
小智皮卡丘，我们先在休息一下吧。
皮卡丘（点头）皮卡~
小智走出草丛坐在一块石头上休息。这时他们发现了一只正在喝水的走路草，小智想它或许能帮他们走出森林，于是便向前走去，结果不小心吓到了走路草；皮卡丘跳过去拦住了它，突然一只妙蛙种子冲出用藤鞭把皮卡丘打到一边，看妙蛙种子的样子是在保护走路草。
小智妙蛙种子，我们不是坏人，我们只想向走路草问个路而已。
皮卡丘皮卡~皮卡~
妙蛙种子嘎纳！嘎纳！
妙蛙种子带着走路草跑了。
小智皮卡丘，我们去找它们。
小智看那只妙蛙种子还不错，便想收服它。
在追妙蛙种子的路上，他们遇到了各种各样，五花八门的陷阱，可把小智和皮卡丘折磨的坏了。最后他们来到一间木屋，周围有许多的宝可梦，但宝可梦看见他们就躲起来，好像很怕小智他们。
小翠你们是谁？
小智我是来自真新镇的小智，是宝可梦训练家，它是我的搭档皮卡丘。我们只是迷路了才来到这里的，没有恶意。
小翠这样啊，我是小翠，这里是宝可梦之乡，是宝可梦的疗养院。这里很多都是受伤和被抛弃的的宝可梦，我在这里照顾受伤的宝可梦们，之前的各种陷阱是为了防止外面的人前来捕捉那些我正在照顾的宝可梦而设下的。
之后小智就开始帮小翠照顾宝可梦，皮卡丘很快就和其他的宝可梦打成。小智也找到刚才那只走路草。
小智走路草对不起，我刚才吓到你了。
走路草原谅了小智。
妙蛙种子嘎纳！嘎纳！嘎纳！
妙蛙种子忽然冲了出来撞向小智，被小智用一只手挡住了。
小智（用手撑着妙蛙种子的头）妙蛙种子，你冷静一点，我们不是你的敌人。
皮卡丘皮卡丘~
小翠妙蛙种子它是在保护村子，它想要保护受伤的宝可梦们不受外来的敌人的攻击，其实妙蛙种子它是这个村子的保镖。
妙蛙种子还在推小智，想要小智离开。
小翠没问题的，妙蛙种子。
“轰——！！！”一个像巨蛋球场一样大的机器人从天而降。
小智什么？！
火箭队开场白只说到一半。
武藏这里所有的宝可梦我们全部接收了。
小次郎就是这样。
喵喵这是你们用机关陷害我们的惩罚啊，喵~
（没错，好久没出场的火箭队，终于登场了。）
说完机器伸出一根吸管，开始吸气。
小翠大家快进木屋里！
小翠立刻带着宝可梦们逃进木屋里，走路草一不小心被吸了过去，幸好妙蛙种子用藤鞭把拉了回来。小智和皮卡丘立刻过去帮妙蛙种子进木屋。
武藏又是那个丑小鬼，他又想破坏我们的好事。
小次郎不过，所有的人都聚到一个地方，正合我意。
喵喵把那个破木屋一口气吸进来，喵~
火箭队立刻加大吸力，就在他们以为要成功时，妙蛙种子忽然出现在屋顶，用藤鞭改变了管子的方向，小智也趁机跑了出来。
小智去吧，比比鸟，烈暴风。
两股风撞在一起形成了龙卷风，把火箭队连同机器一起吹飞了。
武藏，小次郎，喵喵好讨厌的感觉啊！
小翠（高兴）大家都没事，真是太好了。
妙蛙种子（高兴）嘎纳~嘎纳
小翠小智，你想收服妙蛙种子对不对？
小智是这样。
小翠（抱起妙蛙种子）要是不嫌弃的话，你可以带它走哦。妙蛙种子牺牲自己，帮助这里弱小的宝可梦，但是继续这样下去的话，它会成为井底之蛙的；如果继续留在这里，它不会成长的，背上的植物也永远不会长大的，所以我希望你能够带着妙蛙种子去到外面的世界。
小智（担心）那村子呢？
小翠（看着所有的宝可梦）的确，妙蛙种子确实在保护村子方面有很大的贡献，但是宝可梦们是不能永远停留在这个地方的；有些宝可梦早就回复了健康，可是因为在这里住的太舒服了，不愿意回到外面的世界去；我希望它们回复健康以后能回到原来的地方去，希望这里的宝可梦们能够回到大自然；当然，如果有受伤的宝可梦过来，我会尽全力治疗它们的，但是当它们回复健康后，我希望它们能够回到原来的地方，这就是我的愿望；所以我希望你带妙蛙种子到外面的世界去，它不是那种一辈子待在这里当保镖的宝可梦，它应该还可以更加的茁壮成长，妙蛙种子有属于它的活跃场所，对吧。小智，那就拜托你了。
小智好，我明白了。
妙蛙种子（对小翠）嘎纳~嘎纳~
小翠（笑了笑）它说带它走可以，但条件是你要打败它才行。
小智好，上吧皮卡丘。
皮卡丘皮卡！
妙蛙种子（使出藤鞭）嘎纳！
妙蛙种子开始对皮卡丘使用藤鞭，皮卡丘灵巧地躲开了藤鞭，这时妙蛙种子撞头了过来。
小智铁尾。
皮卡丘立刻用铁尾迎击，妙蛙种子被击退后用藤鞭绑住了皮卡丘，用力的将皮卡丘砸在了地上。
小智十万伏特。
皮卡丘的十万伏特通过藤鞭传到了妙蛙种子身上，强大的电流将妙蛙种子电翻了。小智扔出了精灵球“咚！”的一声，妙蛙种子收服成功。
小智（高兴）好，我收服到妙蛙种子了。
皮卡丘（开心）皮，皮卡丘~
小翠（祝福）这是最好的结局了，小智。
妙蛙种子回复后，与小翠告别，然后跟着小智踏上旅途。
小翠（挥手告别）再见了，你们要好好加油啊，妙蛙种子也一样哦。
增添了新的伙伴，小智他们继续向着枯叶市前进。
黑影接下来，他们又会遇到什么呢？
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