魏佳氏在乾隆三十九年底与乾隆帝从热河回宫之后生病，期间曾在养心殿东耳房体顺堂养病。乾隆四十年正月十一日和正月二十七日，乾隆两次探望生病的魏佳氏，正月二十九日魏佳氏逝世，享年四十九岁。同日乾隆帝便为皇贵妃上谥号为“令懿皇贵妃”（谥号“令懿”的“令”，与原封号满文相同，“懿”的满文为“fujurungga”，意为有文采、风采翩翩、风姿、懿美），并命八阿哥同福晋、十二阿哥同福晋、十五阿哥同福晋、大阿哥长子绵德同福晋、五阿哥第五子绵亿在宫内为皇贵妃穿孝，六阿哥、四阿哥长子绵惠、九公主、七额驸拉旺多尔济、九额驸扎兰泰、三阿哥长女额驸丹巴多尔济、四公主长子丰绅济伦在宫外为皇贵妃穿孝，六阿哥、尚书永贵、总管内务府大臣金简总理皇贵妃的丧仪。
乾隆四十年十月二十六日辰时，入葬清东陵胜水峪（即裕陵）地宫。乾隆四十一年，令懿皇贵妃去世周年祭之时，她的祭文中有“虚九御之崇班，情深逝水”这样的一句话，乾隆帝在她去世后也确实再未立过皇后、册封皇贵妃甚至贵妃等高等级后妃。
乾隆六十年九月初三，乾隆帝宣示十五阿哥永琰为皇太子，同时下令追封其母令懿皇贵妃为孝仪皇后（谥号“仪”，满文为“yongsunggo”，意为“有礼的”）。
寿皇殿长年供奉高宗纯皇帝圣容的暖阁内，亦供奉过孝贤皇后、孝仪皇后的御容玻璃挂屏、插屏，作为高宗神龛内的陈设物品之一。每年的除夕至次年正月初二日，都会于寿皇殿正殿内安设“一帝二后”形式的大型屏风。孝贤皇后和孝仪皇后分别以元配皇后、嗣皇帝生母的身份享受这种待遇。
1928年7月，军阀孙殿英盗掘了裕陵及慈禧陵后，住在天津的溥仪派遗臣载泽、耆龄、宝熙等人到东陵处理善后工作。在清理裕陵地宫时，在棺床西边的两棺间发现了穿着黄色龙袍，皮肉完好，无腐烂，两腮及嘴下多皱纹，牙齿未完全脱落且面带微笑的孝仪纯皇后遗体。 [2]
宝熙在日记中是这样记载的：
午后于石床西边两棺之间发现后妃玉体一，幸未损伤脱失……敬审其貌，颏多皱纹，齿未全脱，似五六十岁人，而皮骨俱存，丝毫未腐，笑容圆相，有如古佛，诚异事也。 [2] （指孝仪皇后“笑容圆相，有如古佛”。）
徐榕生在日记中记道：
忽于地宫西南隅两棺之间衾襚之下，觅得后妃玉体一，身着宁稠云龙袍，已一百四五十年之久，面目如生，并有笑容，年约五十岁，耳环尚在。一足着黄缎朝靴，又于侧近拾得一靴一袜。以水濯之，靴之花纹与着于足者同（袜亦有花纹），不知是后是妃也。 [2] （指孝仪皇后“面目如生，并有笑容”。）
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