玄烨

当时，康熙帝经常召集少年侍卫在宫中作“布库”之戏，康熙八年五月十六日（1669年6月14日），他突然命令这些侍卫在鳌拜进见时将其逮捕。大臣商议鳌拜大罪三十条，请求诛其族，康熙帝念鳌拜功劳，赦死罪而拘禁，但诛杀了鳌拜的很多弟侄亲随及党羽，不久鳌拜死于禁所。仅存的另一辅政大臣遏必隆因为长期勾结鳌拜，被削去太师、一等公的爵位。 [25] 康熙帝由此完全夺回朝廷大权，开始真正亲政的阶段。康熙帝铲除鳌拜之后，甄别官吏，为被鳌拜矫旨处死的苏克萨哈等昭雪，奖励百官上书言事，禁止圈地等弊政，实操朝政大权。

削平三藩

康熙十二年（1673年）三月，以平南王尚可喜请求归老辽东，但请求留其子尚之信继续镇守广东为引线，引发了是否撤藩的激烈争论。 [26] 最后康熙帝认为“藩镇久握重兵，势成尾大，非国家利”，决定下令“撤藩”。七月，吴三桂假装请旨撤藩，康熙帝同意。 [27] 同年十一月，吴三桂在云南提出反清复明，杀云南巡抚朱国治。 [28] 并于次年派将率军进攻湖南，攻陷常德、长沙、岳州、澧州、衡州等地。他又派人四出散布檄文。广西将军孙延龄、四川巡抚罗森等许多地方大员纷纷反清。接着，福建耿精忠亦反。在短短数月之内，滇、黔、湘、桂、闽、川六省丢失，一时间危在旦夕。随后，陕西提督王辅臣、广东尚之信等也相继反叛，叛乱扩大到广东、江西和陕西、甘肃等省。

康熙帝的对策是坚决打击吴三桂，决不给予妥协讲和的机会；而对其他的叛变者则大开招抚之门，以此来分化敌军，削弱吴三桂的羽翼，从而孤立吴三桂。 [29] 在这个方针之下，康熙帝把湖南作为军事进攻的重点，命勒尔锦等统领大军至荆州、武昌，正面抵住吴三桂，并进击湖南，又命安亲王岳乐由江西赴长沙，以夹攻湖南。此外，康熙帝又放手重用汉将、汉兵作战。 [30] 康熙十五年（1676年），陕西王辅臣和福建耿精忠在清军进攻下，先后投降。 [31-32] 广东的尚之信也于康熙十六年（1677年）投降。 [33] 陕、闽、粤以及江西都先后平定。吴三桂局促于湖南一隅之地，外援日削。而清军已由江西进围长沙，其失败之势已成。

康熙十七年（1678年）三月，吴三桂在衡州称帝，国号周，大封诸将。未几即忧愤成疾，于八月病死。吴三桂死后，其部将迎立其孙吴世璠继位，退居云贵。此后，清军先后收复湖南、广西和四川。康熙二十年（1681年）冬，清军攻破昆明，吴世璠自杀，三藩平定。 [34]

统一台湾

平定三藩之乱后，将台湾纳入版图又被提上日程。恰逢康熙二十年（1681年），郑成功之子郑经去世，台湾内部发生政变，年仅十二岁的郑克塽继任延平王位，大权实际上为冯锡范、刘国轩掌握。