努尔哈赤派人调查属实，但由于家丑不可外扬，即以私藏金银的罪名而将阿巴亥“离弃”。后世有人认为，塔因查告发是受到皇太极的指使，以达到排挤代善，打击乌喇那拉氏的目的。
总之，阿巴亥带着儿子过了一年多被休弃的日子，住在小木屋里自己煮饭吃。
关于私藏金银，她为了给亲生儿女奠定经济基础，暗下把家中的银两、绸缎、首饰及古玩等物，分别藏匿在大儿子阿济格和乌拉城娘家家中。努尔哈赤先是派大臣额尔德尼等四人抄了阿济格的家，后又到乌拉城抄了娘家，索回了全部私藏财物。为了惩罚，努尔哈赤给阿巴亥制定了约法三章：一是不准她再与任何人来往，二是不准她听信谗言，三是与她隔房。 [6]
阿巴亥失宠，告发有功的庶妃塔因查和阿济根的地位迅速上升。然而，阿巴亥毕竟是阿巴亥，史书记载她“嫉妒、有机变”并非空穴来风，努尔哈赤占领辽阳之后，立即做出了一个重要决定，就是召回离异了一年的阿巴亥，将其重新立为大福晋。由此可见，努尔哈赤仍旧对她有留念，他需要她为自己的事业助阵。 [7]
阿巴亥复位后，历史上关于众福晋活动的笔墨也开始出现。努尔哈赤的女人们逐渐从闺阁走上政殿，从京城走向野外，她们不再是帝王的附庸，开始有组织地从事一些政务，比如出席东京城的奠基典礼，奔赴广宁前线慰问，随大汗为垦地开边出行等，这一切与众妃之首阿巴亥的作用息息相关。
后金天命十一年（1626年）正月，68岁的努尔哈赤亲率13万大军攻打由明朝重将袁崇焕镇守的宁远城（今辽宁省兴城市），因身受重伤，大败而归。伤势稍好后，又亲率大军出征蒙古，半个月后胜利回师，不久因病势加重住在清河温泉处疗养。努尔哈赤自知大限已到，命人去请大福晋阿巴亥乘船由太子河顺流而下，到浑河见面。几天后，努尔哈赤因毒疮突然发作，医治无效，与世长辞。 [6]
但接下来缤纷缭绕、瞬息万变的时局，就不是阿巴亥这样一位势单力薄的女人可以左右的了。努尔哈赤尸骨未寒，年仅35岁的皇太极就抓住时机，乘乱率几位大贝勒闯入阿巴亥的后宫，传达所谓的“帝遗言”，强迫阿巴亥从先帝之命而殉葬。皇太极再清楚不过，治死阿巴亥，既可以牵制代善，又可以控制她的三个儿子。阿巴亥坚决不从，但又如何能够抵挡住膨胀到极限的图谋继位的野心。
阿巴亥当时37岁，正值盛年，她的三个儿子：阿济格22岁已经成年、多尔衮只有15岁、多铎13岁。出于对尘世的留恋和对爱子的牵挂，阿巴亥百般支吾，希望事情能有转机。但诸王寸步不让，阿巴亥在被逼无奈、山穷水尽的情况下，自缢殉死。《太祖武皇帝实录》较为详细地记述了阿巴亥被逼殉死的情景：
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