秦王李世民征伐四方，先后讨平了薛举父子、刘武周、宋金刚、窦建德和王世充。于武德四年（621年）受封天策上将，位在王公之上。 [36] 此时的秦王李世民身兼数职，威望势力直逼太子李建成，功高震主难免被猜忌。 [37] 平定洛阳后，李世民拒绝了奉命前来有非分之请的贵妃等人，秦王部属又多次与后宫亲属产生摩擦。 [38-39] 秦府上下对后宫已多有得罪。反之太子齐王与后宫妃嫔时常往来，经常联合在高祖面前谗害李世民。眼见多次在外浴血征战的丈夫与皇帝疏远，又为太子齐王所嫉，秦王妃直接出面缓和矛盾。她常常在宫中出入，孝顺高祖李渊，同后宫妃嫔交往，以弥补丈夫与皇帝的嫌隙，在后宫中为丈夫存留助力。 [40-41] 在尚书右仆射萧瑀和太子少保李纲等人的鼎力支持下，高祖李渊最终没忍心对李世民下死手。秦王妃长孙氏等人同心影助为秦府的绝地反击赢得了宝贵的备战时间。 [42] 正如历史上无数次的皇权斗争一样，兄弟反目终于决裂。
武德二年（619年）末因刘文静事件，高祖已冰封过秦王。只因内外战事不断，唐廷必须仰仗秦王武功，不得不在每次战事吃紧时，一次复一次地启用李世民，而事平之后对战功越发显赫的李世民猜忌更重。 [43] 武德末期，皇帝猜忌日重，太子齐王日渐紧逼，李世民的处境更加艰难。在武德七年（624年）六月杨文干事件，秦府与太子齐王两败俱伤之后，双方争斗进入白热化。
同年七月突厥再度寇边，情势危急，太子齐王与多数大臣纷纷赞同迁都，唯独李世民直谏，认为夷狄之患不足为惧，请求出征讨伐突厥。高祖听从了他的请求，但是太子与后宫妃嫔却乘机进谗言诬陷李世民谋掌兵权以篡位。 [44] 高祖再起疑心。之后高祖在城南狩猎，太子将一烈性胡马授予秦王妄图摔死秦王，秦王驯马后完好无伤答以“死生有命”，太子借机令后宫妃嫔妄言“天命”诬陷秦王。 [45] 高祖大怒，但碍于边境不宁，缺不了李世民这军事奇才，不得不按下此事。一计不成再生一计，太子于东宫设宴欲用毒酒加害李世民，不成。 [46] 又和齐王策划在昆明池暗杀李世民，并乘机逼宫。幸得率更丞王晊得知阴谋并将此事告知李世民。 [47]
经过一系列的事件，持续加剧着秦王府与东宫间的矛盾。秦王妃长孙氏没有放弃弥缝。然而面对丈夫及其部属遭遇的不公和打击，长孙氏越发警醒地意识到摆脱困境的紧迫感。此时的秦王妃长孙氏没有退缩，义无反顾地站在丈夫身后，和胞兄长孙无忌及房玄龄等秦王府僚共同给予丈夫毫无保留的支持。武德九年（626年）六月三日，金星再次白天出现在天空正南方的午位，当高祖将傅奕密奏“秦王当拥有天下”告知李世民， [48] 处于生死存亡之际的李世民下定了决心。
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