黑衣组织是一个神秘的跨国犯罪集团，虽然关于这个组织的全名/目的以及内部结构不是很清楚，但是可以知道的是在成立的这半个多世纪以来，一直在进行着各种犯罪活动，成员都是以酒名作为代号，而他们的主要目的之一就是研究药物，让人永葆青春，或者是让人死而复生！
首脑乌丸莲耶即“那位先生”，无任何代号
主要成员朗姆Rum
琴酒Gin
伏特加Vodka
贝尔摩得Vermouth
基尔Kir，即水无怜奈/本堂瑛海，CIA的卧底
基安蒂Chianti
科恩Korn
波本 Bourbon，即安室透/ 降谷零，日本公安警察的卧底
已脱离组织雪莉Sherry，即宫野志保，脱离组织后化名灰原哀
黑麦威士忌Rye，即诸星大/赤井秀一，FBI的卧底
沼渊己一郎被捕，后处以死刑
已死亡龙舌兰Tequila
皮斯克Pisco，即枡山宪三
卡尔瓦多斯Calvados
宫野明美化名广田雅美
宫野厚司组织的科学家，死亡故事为口传
宫野艾莲娜
伊森·本堂CIA的卧底
楠田陆道
苏格兰威士忌Scotch，日本公安警察的卧底
首脑
那位先生（Boss，あの方）那位先生是组织成员对黑衣组织首领的称呼，也称“Boss”。没有任何代号，其他成员的酒类代号就是他所命名，身份成谜。“宠爱的女人”是贝尔摩得。其邮箱地址的按键音旋律为《七个孩子》。据作者青山刚昌所说已登场并出现全名[3]。注：File.1008正式证明乌丸莲耶为黑衣组织首领。
“那位先生”（后方黑影）与其下属琴酒等人
主要成员
朗姆（Rum，ラム）黑衣组织的二号人物，Boss的心腹。性别不明，外貌有多种传闻。在事故中某只眼睛受伤，所以装的是义眼。—
琴酒
琴酒（Gin，ジン）声优：堀之纪黑衣组织重要成员，经常和伏特加一起出现。是最早登场也是最重要的组织成员之一。银色（动画早期为金色）长发，左撇子。冷酷残忍，头脑冷静，似乎可以毫不犹豫地杀死任何人。经常执行各种暗杀和清除组织内奸的任务，自称从不去记杀掉的人的姓名和长相。是给新一灌下APTX4869使其身体变小的罪魁祸首。爱车是黑色的保时捷356A。
伏特加
伏特加（Vodka，ウォッカ）声优：立木文彦黑衣组织重要成员，琴酒的搭档，最早登场的组织成员之一。总是带着墨镜。但头脑简单，做事稍不细密。完全服从琴酒且一起行动，尊称琴酒为“大哥”。
贝尔摩德
贝尔摩得（Vermouth，ベルモット，又译苦艾酒）声优：小山茉美黑衣组织重要成员。真实身份为美国大明星莎朗·温亚德，因某种原因恢复年轻或停止衰老（具体不详），而后对外宣称为“莎朗的女儿”克丽丝·温亚德。精通易容与变声。负责收集重要情报，是个“秘密主义者”。在纽约曾新一和小兰救下曾救过他，此后一直保护两人。知道柯南和灰原的真实身份，但却并没有上报组织，原因似乎也与她自身原因有关。与Boss有着特殊关系，具体不明。
雪莉 / 宫野志保
雪莉（Sherry，シェリー；已脱离组织）声优：林原惠美黑衣组织重要成员。本名宫野志保。组织中的科学家，药物APTX4869的制造者。据琴酒所言是“在组织里算是少数头脑顶尖的人”。但在组织杀害她的姐姐宫野明美后以停止研发以示抗议，被组织囚禁时服下APTX4869自尽，却身体恢复幼年并逃出组织。化名灰原哀，阿笠博士将之收留。
皮斯克 / 枡山宪三
皮斯克（Pisco， ピスコ；死亡）声优：村松康雄黑衣组织元老级成员。本名枡山宪三，71岁，汽车公司董事长。与Boss关系密切。与宫野夫妇交情很深，了解到一些开发中的药物情况，并见过幼年志保。在暗杀政治家吞口重彦的行动时失误，在Boss的要求下被琴酒灭口。曾一度认出灰原哀为宫野志保，并暗杀其未遂。
龙舌兰
龙舌兰（Tequila，テキーラ；死亡）声优：广田行生黑衣组织成员，操关西口音的大汉。在一次和满天堂公司职员交易时因拿错箱子而被误炸而死。曾与电脑工程师板仓卓接触过。
卡尔瓦多斯
卡尔瓦多斯（Calvados，カルバドス；死亡）黑衣组织中的狙击手。持各种武器，最喜欢用霰弹枪。因迷恋贝尔摩得而参与到贝尔摩得与FBI的对决中，被赤井秀一击伤，在被带走调查前自杀身亡。
基安蒂
基安蒂（Chianti，キアンティ）声优：井上喜久子黑衣组织中的狙击手，与科恩搭档，有效射程为600码左右，实力强劲。左眼有凤尾蝶图案纹身并且常画很重的眼影。性格激进，痛恨对卡尔瓦多斯见死不救的贝尔摩得。
科恩
科恩（Korn，コルン）声优：木下浩之黑衣组织中的狙击手，与基安蒂搭档，狙击能力在600码左右，技术出众。性格冷酷、沉默寡言。参与过多次暗杀行动。同样讨厌贝尔摩得。
宫野厚司
宫野厚司（死亡）黑衣组织中的科学家，宫野明美、宫野志保的父亲，在科学界以遭驱逐的“疯狂科学家”而闻名。和妻子宫野艾莲娜一起进行“使死者复活的秘密药物”的研究。在志保出生后不久便与妻子一同“意外死亡”。
宫野艾莲娜
宫野艾莲娜（死亡）声优：铃木弘子黑衣组织中的科学家，英国人，宫野明美、宫野志保的母亲。和丈夫宫野厚司一起进行药物研究。沉默寡言，人称“坠入地狱的天使（Hell Angel）”。在志保出生后不久便与丈夫一同“意外死亡”。生前对自己的死亡有所察觉，并且为尚且年幼的女儿志保留下了几盘录音。
底层成员
宫野明美
宫野明美（死亡）声优：胜生真沙子→玉川砂记子黑衣组织的基层成员，宫野志保的姐姐，赤井秀一的女友。因父母都是组织成员而被迫加入组织。为了自己和妹妹能够脱离组织，化名广田雅美，完成了组织交给的抢劫十亿日元的任务，后被琴酒杀害。
楠田陆道
楠田陆道（死亡）声优：岩田光央尚未赋予组织代号的黑衣组织基层成员，为了寻找失踪的基尔而奉组织之命装病住进杯户中央医院进行秘密调查的眼线。被FBI发现而驾车逃亡，发觉追踪者是赤井秀一后举枪自杀。赤井秀一后将其尸体用于假死计划。
沼渊己一郎
沼渊己一郎（被捕）声优：龙田直树黑衣组织培养的杀手，但因达不到预期要求，而被送到宫野志保处作为药物实验对象。在实验前逃跑，后制造了连环杀人案，被捕，后被处以死刑。
无名老人
老人姓名不详。两年前赤井秀一在组织的卧底调查即将结束时，制定了约琴酒见面、FBI趁机实施抓捕的计划。该老人先于琴酒来到约定地点，FBI搜查官安德雷·卡迈尔上前提醒他“这里很危险，快点离开”，却不知该老人为黑衣组织成员。此事导致抓捕计划失败，并使赤井的卧底身份暴露，间接导致宫野明美的死亡。
卧底
伊森·本堂
伊森·本堂（死亡）声优：小山力也CIA派入组织的卧底，本堂瑛海（水无怜奈）与本堂瑛祐的父亲。第二代日裔美国人，30年前加入CIA成为谍报员。不太爱说话，使用多个假名。曾潜入组织卧底调查。4年前为了保护女儿水无怜奈的卧底身份不暴露而自杀身亡，并造成“审问水无却反被她所杀”的假象，使水无躲过组织怀疑并得到Boss的垂青。
基尔 / 水无怜奈 / 本堂瑛海
基尔（Kir，キール）声优：三石琴乃CIA派入组织的卧底，本名本堂瑛海，化名水无怜奈。伊森·本堂的女儿，本堂瑛祐的姐姐。表面身份为日卖电视台主持人（重回组织后已辞职）。在于一次暗杀政要的行动中遭遇车祸，被FBI当作真正组织成员擒获，一直在医院昏迷。苏醒后FBI才得知其身份，将她送回组织继续完成任务。
黑麦威士忌 / 赤井秀一
黑麦威士忌（Rye，ライ；已脱离组织）声优：池田秀一FBI搜查官，真名赤井秀一，宫野明美的男友。曾化名诸星大，接近宫野明美并依靠志保的人际关系打入组织内部，卧底三年，期间得到Boss赏识并获得代号“Rye”。因FBI搜查官安德雷·卡迈尔的失误导致赤井身份暴露并脱离组织，并致使宫野明美被琴酒杀害。Boss称之为可以射穿组织心脏的银色子弹。为了帮助重新回到组织卧底的水无怜奈骗取琴酒的信任，假装中弹身亡。之后以冲矢昴的身份出现，暗中保护灰原哀。
波本 / 安室透 / 降谷零
波本（Bourbon，バーボン）声优：古谷彻日本公安警察派入组织的卧底，本名降谷零，化名安室透。人称“神秘主义者”。曾在小时候与宫野艾莲娜有过接触。表面职业为私家侦探，并在波洛咖啡厅打工，拜毛利小五郎为师。对柯南的身份产生了兴趣。与赤井秀一相互反感，曾伪装成伤疤赤井来试探FBI，后推断出赤井未死及赤井假扮为冲矢昴活动。
苏格兰威士忌
苏格兰威士忌（Scotch，スコッチ；死亡）声优：绿川光日本公安警察派入组织的卧底，本名诸伏景光，是诸伏高明之弟，安室透的发小和同事。卧底身份暴露后，在组织套问出其名字之前，在赤井秀一面前自杀。
存疑人物
吞口重彦
吞口重彦（死亡）政治家，由于受贿而警方对其调查，死于皮斯克之手。由于剧情中没有介绍吞口是否为组织正式成员，因此存疑。
其他成员
（注：本部分收录剧场版、漫画特别篇等非原作中出现的正式组织成员）
原佳明
原佳明（死亡）声优：桥本晃一M 5《通往天国的倒计时》中登场的原创角色，游戏工程师。因为入侵黑衣组织电脑而遭琴酒杀害。
爱尔兰
爱尔兰（Irish，アイリッシュ；死亡）声优：干本雄之M 13《漆黑的追踪者》中登场的原创角色。由贝尔摩得帮助化妆成警视松本清长，混入警视厅搜查小组，任务是找回存有组织成员名单的SD卡。根据指纹对比确定了柯南的真正身份。视已故成员皮斯克同父亲一般，对于杀死皮斯克的琴酒相当不满，打算活捉柯南向Boss举发琴酒。后因警察将之包围，连同到手的SD卡被琴酒下令消灭。死前以身保护柯南，称柯南是唯一一个可以和组织抗衡的人。
冈仓政明
冈仓政明（死亡）M 13《漆黑的追踪者》中登场的原创角色。组织派出的间谍（NOC），表面身份为议员秘书。擅自将拷贝了黑衣组织所有间谍名单的SD卡带在身上，因此成为组织的暗杀对象。因卷入了一起杀人案遇害。由于SD卡教凶手拿走，组织派出爱尔兰混入警视厅调查小组以取回SD卡。
库拉索
库拉索（Curaçao，キュラソー；死亡）声优：天海佑希M 20《纯黑的噩梦》中登场的原创角色。[4]左右虹膜颜色不同，通常被称为“双色瞳”的眼睛的拥有者。因为某项任务而丧失记忆的她，与在逃跑中偶然相遇的柯南等人一同行动，而她的记忆也成为解开黑衣组织秘密的一把钥匙。不只是组织，FBI、公安警察和警视厅警察也盯上了她。[5]
司陶特
司陶特（Stout，スタウト；死亡）声优：Michael RhysM 20《纯黑的噩梦》中登场的原创角色。男性，MI6（英国军情六处）潜入组织的卧底。
阿夸维特
阿夸维特（Aquavit，アクアビット；死亡）声优：Kurt CommonM 20《纯黑的噩梦》中登场的原创角色。男性，CSIS（加拿大安全情报局）潜入组织的卧底。
雷司令（又译“威士莲”）
雷司令（Riesling，リースリング ；死亡）声优：泽海阳子M 20《纯黑的噩梦》中登场的原创角色。女性，BND（德国联邦情报局总部）潜入组织的卧底。※同名小说中其真实姓名设定为利昂·布赫兹（レオン・ブッフホルツ，Leon Buchholz）。
阿拉克（Arak，アラック；死亡）漫画特别篇第26卷 File.9~10《寄托于飞艇的愿望》中登场的原创角色。姓名阿米林（アミリーン），代号“阿拉克”，黑衣组织的职业杀手，表面职业为歌手，暗杀帕纳苏格拉国公主未遂后柯南设计将之逮捕。但在押回警局途中服毒自杀。
阿拉克 / 阿米林
朱奈瑞克（Generic，ジェネリック；已脱离组织）漫画特别篇第26卷 File.11~12《黑衣组织——出现》中登场的原创角色。姓名本田，代号“朱奈瑞克”。黑衣组织的科学家，曾和灰原是同事，比灰原小一岁。为了从组织里脱离故意服用APTX4869后将自己变小，潜入帝丹小学。还开发出清除、改变记忆的药物，打算对灰原使用后使灰原成为自己家人。但因元太的干涉反而使自己丧失了记忆。后由普通家庭收养过上正常人的生活。
朱奈瑞克 / 本田
黑胡子（死亡）漫画特别篇第35卷 File.9~10《守护病毒侵袭的豪华游轮》中登场的原创角色。姓名不详，黑衣组织中的药物研发成员，与雪莉认识。奉琴酒之命在一艘豪华客船上实验新发明的高致死流感病毒，失败后遭琴酒处决。 —
杀手（死亡）真人版单发第二部《工藤新一的复活 黑衣组织的对决》登场的原创角色。黑衣组织基层成员，受命暗杀宫野志保，被小兰击倒后落荒而逃，之后死在琴酒枪下。
无名杀手
受利用的人
（注：该部分收录受组织利用、进行犯罪的人物，剧情中未告知这些人物为组织成员）
广田健三（右上）与广田明（左下）
广田健三（化名，死亡）真名不详。参与了宫野明美的十亿元抢劫案，后被广田明灭口。登场于漫画Vol.2 File.4《行踪不明的男人》（对应动画TV 13《奇怪的寻亲杀人事件》进行了修改，使案件变成与黑衣组织无关）广田明（化名，死亡）声优：手冢秀彰真名不详。参与了宫野明美的十亿元抢劫案，将同伙广田健三杀害，后自己也被黑衣组织灭口。登场同广田健三。
中岛秀明（漫画中）/中岛英明（动画中）声优：谷川俊满天堂公司职员，与黑衣组织成员龙舌兰进行过交易，高价从他手中买到世界所有杰出软件工程师的名单。但是龙舌兰拿错了箱子后被误炸死。登场于TV 54《电玩公司杀人事件》。
女性声优：纱由里姓名不详。在新干线上与琴酒、伏特加进行交易的职业女性。花费4亿日元从组织手中获得了与金钱相关的情报。但琴酒妄图让她和新干线一同炸毁。最终柯南在最后一刻化解危机。之后接受了警方询问。得知她并不认识交易对象，与组织也并没有深入关系。对应动画TV 5《新干线大爆炸事件》中修改为与黑衣组织无关。
岸井（死亡）声优：千叶一伸动画原创角色，本是运钞车押送人员，因赌博欠下大量债务，参与了宫野明美的十亿元抢劫案，负责假装在歹徒威胁下开门。后遭伏特加灭口。登场于TV 128《黑衣组织10亿元抢劫事件》（动画原创）。
贝冢士郎（死亡）动画原创角色，本是赛车手，宫野明美招之为十亿元抢劫案的司机。后琴酒将之灭口。登场同岸井。
板仓卓（死亡）声优：大友龙三郎电脑游戏工程师，与龙舌兰接触过在胁迫下制作过一种系统软件，曾透露自己“为了全人类”而放弃软件开发。后卷入杀人案遇害。
“狼人”（被捕）声优：广濑正志“幽灵船”派对参加者，假扮成狼人的形象。在网上发布了对电影导演福浦千造的不满信息，被贝尔摩得发现后，寄给他很多他的个人隐私，迫使他协助组织杀人以分散柯南的注意力，给贝尔摩得机会除掉雪莉。其杀人手法被服部平次识破后就捕。由于扔掉了快递送货单，使警方失去了追捕贝尔摩得的一条线索。登场于TV 345《与黑衣组织的直面对决！满月之夜的双重谜案》。
“狼人”
弁崎桐平声优：幸野善之赏樱游客，遭安室透迷昏。后波本借用其身份，并假称是银行抢劫事件的经历者接近茱蒂·斯泰琳，趁机在茱蒂身上安装窃听器，与假扮成孕妇的贝尔摩得配合，套取关于赤井的情报，最后称“收获颇丰”并进一步怀疑柯南身份。弁崎本人对遭人假扮之事并不知情。
使用物品
武器
伯莱塔M92F手枪：琴酒的配枪。
勃朗宁M1935手枪：伏特加的配枪。
PSG-1狙击步枪：狙击手基安蒂所使用的狙击枪，也可能为PSG-2或3。
雷明顿700步枪：狙击手科恩所使用。
M4A1卡宾枪：M 5《往天国的倒计时》中，琴酒射杀“宫野志保”（实际为铃木园子）时所用的枪支。
SIG-P220手枪：M 13《漆黑的追踪者》中，爱尔兰所使用的枪支。
阿帕奇武装直升机：M 13《漆黑的追踪者》中，琴酒、伏特加驾驶的直升机。
V-22鱼鹰运输直升机：M 20《纯黑的噩梦》中，琴酒搭乘的直升机。
车辆
保时捷356A：琴酒的爱车，黑色。
哈雷V-Rod：贝尔摩得驾驶的摩托车，深红色。
德托马索De Tomaso Pantera：贝尔摩得驾驶的跑车，黄色。
丰田普锐斯第一代：贝尔摩得驾驶的汽车，白色（贝尔摩得假扮新出医生时所驾驶）。
雪铁龙BX19 GT：基尔驾驶的汽车，白色。
马自达MX-5：基尔驾驶的跑车，银色。
道奇蝰蛇1996款SRT-10 GTS：基安蒂所开的跑车，深蓝色/紫色。
马自达RX-7 FD3S：安室透/波本的跑车，白色。
手机
琴酒、贝尔摩得、波本（安室透）使用的手机均为苹果手机系列，其中琴酒、波本使用iPhone 4S，贝尔摩得使用iPhone 3GS。
《名侦探柯南》中，使用iPhone手机的全部为黑衣组织成员（普通龙套除外），因此出现了“《柯南》中iPhone已经成为黑衣组织的专用手机”的说法。
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