故事发生在未来科技高度发达、人类开始星际殖民的“星纪元”时代。
人类的母星地球以及殖民星球，在几天内被不明“X物质”侵袭，全部失守。为了生存，仅存的人类把一颗小行星炸成八块，建立了8艘方舟太空母船，开始在太空流浪。是为新纪元“星海纪元”的开始。
游戏故事的发生地是方舟2号阿格莱亚号。肩负延续人类文明的重任，阿格莱亚号决定利用克隆技术和基因优化来培育新一代人类。
星海44年，星海学院建立，天机院、神御院、龙皇院负责培育不同技能的新人类。星海60年，游戏开场。一批13岁左右的孩子被集结起来，他们当中既有热血少年，也有萝莉御姐型天才少女；既有阿格莱亚统治者后代的高等人，也有地下城出生的劣等人……
作为星海学院的一员，玩家被通知将要入学开始新的生活，在助手的协助下，玩家开始探索方舟及宇宙，并获得精美卡牌，不断提升卡牌技能，邀请好友并肩同“X物质”战斗，一起守护宇宙流亡人类最后的火种。
星球消亡，人类无处可去，方舟阿格莱亚号是一个人类用陨石造成的巨型飞船，得以可以暂时栖居其上。被称为“银月之阿格莱亚”，全长60千米的巨大太空船。最宽处约25千米。人口为二百万。
外观略呈铲头型，前端为圆弧，后端略平。侧视为子弹形，前端收窄。后视呈橄榄形，水平向为长轴。在主体两侧原本有六片掠翼，后来拆卸了两片，只剩下四片略翼改为外部实验室。
下半部分约二分之一到三分之一都是外观为粗犷的天然岩石，能够见到一些陨石坑的痕迹。
后方旧推进器已经废弃，底部设有使用星尘能源的推进口。航行时飞船底部呈现出一种类似洋流的由星辰和小行星构成的唯美光带。
上半部分为金属的外表，能够看到极为细小的通道口。
在高速航行时，所有的保护遮罩必须关闭。只有当停靠在星际遗迹附近时，遮罩会打开。
学院介绍
龙皇院
龙皇院龙皇院的学生能够在体内吸收并凝聚星尘，控制星尘分布在身体某个部位或与身体接触的金属上，并用来强化自身的攻防能力。星尘凝聚会对身体和装备造成改变，分子结构逐渐被星尘和暗物质取代导致结晶化。
擅于近身战斗。
神御院
神御院神御院的学生由于基因突变在体内生长出一个称作“御神体”的器官，因此可以通过“御神体”控制暗物质，施展出类似“魔法”的战斗技能。
擅长中远程战斗。
天机院
天机院天机院的学生有两类，一类是体内X基因十分活跃，能够使用自己体内的X物质来同化并改造机甲；另一类是因基因技术产生的非人类生物（古生物、外星生物等）。同化改造均有一定的风险，不仅外貌上会产生极端变异，而且也有失败暴走的可能性。改造后的机甲可通过意念或触摸来操控。
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以上是游戏设定，小说设定的人物和游戏完全不一样。比如游戏里的里尔其实是一个来自平民窟的少年，来星海学院的钱都是璐琪琪帮忙支付的。小说里摇身一变，变成了科学院著名研究员的儿子
而且游戏里出现了一个金发的男子。和主角还有米娜，璐琪琪一起组建了一个团队专门接任务，从而让里尔还清债务
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