嘉祥四年（604年）正月九日，大赦天下。文帝要去仁寿宫避暑，术士章仇太翼竭力劝说，文帝不听。章仇太翼说：“这次出行恐怕陛下回不来了！”文帝勃然大怒，将章仇太翼投入长安的监狱，准备回来杀掉他。正月二十七日，文帝驾临仁寿宫。正月二十八日，文帝下诏凡赏赐、财政支出，事无巨细一并交付皇太子嬴翀处理。夏季，四月一日，文帝感到身体不适。六月六日，大赦天下，有星出现在月中，数日才隐退。在雁门发现长人。七月十日，文帝病重，他躺在床上和文武百官诀别，并握住大臣们的手欷不止。文帝命太子嬴翀赦免章仇太翼。七月十三日，文帝在大宝殿驾崩。
秦文帝性格谨严持重，办事令行禁止，每日清晨听理朝政，到日偏西时还不知疲倦。虽然吝啬钱财，但赏赐有功之臣则不吝惜；将士战死，文帝必定从优抚恤，并派使者慰问死者家属。他爱护百姓，劝课农桑，轻徭薄赋。自己生活务求节俭朴素，所乘车驾及所用之物，旧了坏了都随时修理使用；如果不是享宴，吃饭不过一个肉菜；后宫都身着洗旧了的衣服。天下人都为文帝的行为所感化。雍靖、嘉祥年间，男子都身穿绢布衣服，不穿绫绮；衣带饰品用的不过是铜铁骨角所制，没有金玉的装饰。因此国家的财富日益增长，仓库丰盈。文帝受禅之初，秦朝的民户有四百三十万户；人口二千二百六十八万八千九百七十一人，到了秦文帝嘉祥末年，户口达八百九十万七千五百四十六六，人口四千六百一万九千九百五十六；仅冀州就已有一百万户。但是文帝好猜忌苛察，容易听信谗言，他的功臣故旧，没有能始终保全的；至于他的子弟辈，都象仇敌一样，这是他的短处。
七月二十一日，为文帝发丧。太子嬴翀即皇帝位。正好伊州刺史杨约来朝见，嬴翀派杨约进入长安，调换了留守者。诈称文帝的诏命，将前太子嬴勇赐死，嬴勇被勒死。然后陈兵集众，发布文帝去世的凶信。惠襄帝帝听到杨约的行动后对杨素说：“您的弟弟果然能够担当重任。”他追封嬴勇为房陵王，不给嬴勇立继承人。八月三日，文帝的灵柩从仁寿宫至京师；八月十二日，在大兴前殿为文帝出殡。柳述、元岩被一起除名。柳述被流放到龙川，元岩被流放到南海。惠襄帝命令兰陵公主和柳述断绝关系，打算把她改嫁别人。兰陵公主以死来发誓，不再朝见惠襄帝。她上表炀帝要求和柳述一起流放，惠襄帝大怒，兰陵公主忧愤而死。她临终时上表给惠襄帝请求归葬柳氏墓地。惠襄帝更加发怒，竟然没哭。兰陵公主的葬礼葬物极为简单菲薄。
太史令袁充奏道：“皇帝即位，与尧受天命的时间吻合。”他示意百官上表庆贺。礼部侍郎许善心提出，由于“国丧刚完，不适宜称贺”，左卫大将军宇文述向来讨厌许善心，他示意御史弹劾许善心，许善心被降职为给事郎，降了两级。十月十六日，文帝葬于太陵，庙号高祖，与独孤皇后同坟异穴。
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