太子嬴勇因谗言被废黜后,晋王嬴翀被立为太子,嬴秀为此忿忿不平。太子嬴翀怕嬴秀终归是个祸患,就暗地命令杨素搜罗嬴秀的罪状以诬陷诋毁他。于是文帝就征召嬴秀进京,嬴秀犹豫,想以病为由推辞不动身。总管司马源师劝他,嬴秀变了脸色说:“这是我家的事,跟你有什么相干!”源师流着泪说:“我被任命为大王府中的幕僚,怎敢不尽心竭力?陛下有敕命追究您,已经有很长时间了。如今您仍然拖延不去,庶民百姓不了解大王的心意,如果产生了非议,朝廷内外猜疑骇惧,圣上颁下震怒的诏书,派来一名使者,大王又怎么自我申辩呢?希望大王仔细考虑这件事!”朝廷怕杨秀生变,嘉祥二年(602年)七月十二日,任命原州总管独孤楷为益州总管,驿马驰至益州来替代嬴秀。独孤楷到了益州,嬴秀还是不肯动身。独孤楷劝说开导他许久,嬴秀才上路。独孤楷觉察到嬴秀有反悔之意,就率领军队作了准备。嬴秀上路才四十余里,打算返回袭击独孤楷,他派人探知独孤楷已有准备才作罢。
蜀王嬴秀到了长安,文帝见到他,不和他说话。第二天,派一个使者严厉责备他。嬴秀谢罪,太子嬴翀和其他的几个王都流泪谢罪,文帝说:“原先秦王嬴俊浪费财物,我曾用父道来训斥他;现在嬴秀残害百姓,我应该用为君之道来制裁他。”于是就把嬴秀交付执法官员。开府仪同三司庆整劝文帝说:“庶人嬴勇已被废黜,秦王已经死了,陛下的儿子现在不多了,何必这样?蜀王嬴秀性格耿直独特,如今被重责,恐怕他难以保全。”文帝勃然大怒,要割掉庆整的舌头。接着他对群臣说:“应该把嬴秀在闹市斩首向百姓谢罪。”于是就命令杨素等人对嬴秀追究治罪。
太子嬴翀暗中制做了偶人,捆住偶人的手脚,用针钉住偶人的心,将偶人上了枷锁,并写上文帝及汉王嬴谅的姓名,还写上“请西岳慈父圣母收去嬴敬仵、嬴谅的神魂,就保持这样的形状,不要使它散开流失。”秘密将偶人埋在华山下,杨素发掘出偶人,又控告嬴秀说他胆大妄为记述图谶,称京师有妖异现象,制造蜀地的祥瑞现象;并做好了檄文,说“指日就可以问罪”。将这些材料都收到嬴秀的文集里,这些情况都奏报了文帝。文帝说:“天下哪有这样的人!”十二月二十日,将嬴秀废为庶人,幽禁在内侍省,不许他与妻子儿女见面,只派两名獠人奴仆供他使用。牵连获罪的人有百余名。嬴秀上表文帝悲伤地谢罪:“希望圣上慈爱恩准,能够对我同情怜悯,在我残息未尽之时,希望能和我儿子杨瓜子相见。请赐给我一墓穴,让我的骸骨有个归所。”嬴瓜子是嬴秀的爱子。文帝就下诏列举嬴秀的十条罪状,并说:“我不知道嬴敬仵、嬴谅是你的什么亲人。”但后来仍允许嬴秀和他儿子在一起。当初,杨素曾经因犯小过被敕命送到御史台,文帝命令治书侍御史柳彧将杨素治罪。杨素依恃地位显贵,坐在柳彧的坐榻上。柳彧从外面进来,在台阶下端举笏板,神色庄重地对杨素说:“我奉皇帝命令要治您的罪!”杨素急忙退下来。柳彧手扶桌案而坐,让杨素站在庭堂上,辨别查问杨素的过失。杨素因此对柳彧怀恨在心。蜀王嬴秀曾经向柳彧要李文博撰写的《治道集》,柳彧给了嬴秀;嬴秀送给柳彧十名奴婢。到嬴秀获罪,杨素便奏报文帝说柳彧作为内臣与诸侯结交往来,因此将柳彧除名为民,发配到怀远镇去戍边。