东京湾深处………………
伴随着海底的一个小角落在不断地抖动，一颗圆球从淤泥中显露出来，同时，圆球上方出现了裂缝。过了一会儿，圆球破裂，随着里面的液体混入海水，一只长约半米，黑色形如蝌蚪但尾部更加粗壮，有明显头与躯体之分的黑色生物诞生了。黑色生物瞪着蓝眼，凝视着周围如荒原般的海底，四周也是漆黑一片，除了依稀能见到一些底栖生物外，别无他物，黑色生物只好向着上方的开阔处游去。
自1933年开始……，各种泰坦、怪兽便出现在人类视野中，巨猿、原子怪兽、原子恐龙、巨鸟、甲龙，巨蛾，龙龟…………，从美国、日本、英国、德国……，乃至世界各地，均出现了泰坦、怪兽。而在其中首次造成巨大伤亡的，当属那只口中会喷射白色高温吐息原子恐龙——哥斯拉。
两年后………………
原先的黑色生物已长至七米长，且躯干更为粗壮，背部隐隐有三列黑色背鳍露头，其身体下方也长出两对指间具有膜状物的前后肢体。期间，它还发现了一个新的世界——陆地。尽管起初还并不能适应陆地的干燥，出于对新事物的好奇，它也做过数次尝试，第三次上岸时，其皮肤就已变得坚韧，眼外也进化出透明的硬壳，四肢的膜状物也可随环境收缩，便于在陆地移动。但奇怪的是，黑色生物初次上岸便不觉缺氧窒息，且会自觉的使用后肢直立行走，仿佛是天生所为。再次登岸，由于身体已大幅适应陆地生活，陆上的景象也清晰可视。与水中截然不同，陆地上生长着大量茎粗壮而笔直的植物，地面也并非是由单一的泥沙或岩石组成，虽然天色已暗，但远处却能见到些许反常的灯光。继续行走着，黑色生物便来到一片空地，空地上有许多“皮肤”色彩斑斓的直立生物聚在一起，而刚才那反常的灯光应该就是出自这里的。突然，其中一束反常的灯光照到黑色生物的面部，黑色生物不禁发出了一声哀吼，虽然那些直立生物并未认出黑色生物的样貌，但那哀吼却唤醒了它们内心深处的噩梦，那个被原子巨兽支配着的时候。众人惊恐地四散而逃，这幅场景，黑色生物也见过，在海中那些鱼群发现它时也是这般四散而逃，纵使它并不进食。忽然，从四散而逃的人群中冲出了一位手持草叉的男人，那个男人喊着：“我去你*的哥斯拉，死畜生，还我妻儿！”喊着，男人手持草叉捅入黑色生物的侧腹。黑色生物感到一股莫名的能量涌上喉咙，刚出头的背鳍散散发出微弱的蓝光，随着哥斯拉的一声怒吼，一股上千度的蓝色吐息瞬间淹没了男人。待吐息火焰散去，黑色生物面前只剩下半截草叉和一具完全看不出原来的形状的焦尸。
顿时，黑色生物脑中出现了许多仿佛刻在DNA里的记忆。消灭周围一切生灵的爆炸和火焰，高大十多米的巨型“节肢动物”，炮击，电击，以及将“它”毁灭的不明人类和武器…………，当然，其中也有那些直立生物给它的名字——哥斯拉。哥斯拉回过神，发现又一群人类来了，其中一部分还带着一种叫做枪的武器，虽然记忆中这种武器毫无作用，但以现在的自己身体强度应该是扛不住的。哥斯拉把插入侧腹的草叉拔出，一小股血液也随之喷流而出，哥斯拉只得立马跳入海中迅速游离，跳入水中时，它似乎还听见身后有无数枪声与愤怒的嘶吼声响起，但哥斯拉毕竟听不懂他们的意思，只是摆动身体向着东京湾的深处游去…………。
次日，哥斯拉在水底醒来，发现自己的身体发生了巨大的变化，前后肢粗壮了许多，皮肤变得更加粗糙且厚实，其背鳍也已经初步成型，而更惊“人”的是…………其体长一夜之间便增长至14米，其中尾部便已有八米长。但此时，哥斯拉却感觉有什么不对劲，迅速上浮，水面上充斥着嘈杂的噪音，上空也有许多黑影徘徊，而在其上浮仅半分钟，一束灯光照射过来，远处在海面上的几个黑影也纷纷朝它赶来。哥斯拉感到愈发的不对劲，立即加速向湾口游去，而在湾口处，一道巨大的钢铁屏障挡住了它的去路，若要上浮越过，将会露出水面遭到攻击，而身后又有追兵，硬碰硬也不够时间了。突然，两发鱼雷射向哥斯拉，哥斯拉心生一计，装作冲向屏障，实则身体顺势趴在屏障上，四肢一尾竭力一撑与鱼雷擦身而过，鱼雷躲闪不及，与屏障相撞，产生了巨大的爆炸炸开了屏障，若不是哥斯拉立马与之拉开了距离，否则仅仅是爆炸带来的波及也并不好受。
通过鱼雷爆炸炸开的洞，哥斯拉逃出了人类对它的首次围捕，离开了东京湾。而人类，也将要为其轻敌，付出惨重的代价。人类与巨兽的战斗，这才刚刚拉开序幕。
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