经过调查，工藤新一发现，乌丸莲耶早已死去，而他的手下们一直不愿相信boss已经死去的事实，便开始研发起死回生的药物，寻找传说中的那颗在月光之下可以看到藏在一颗大宝石之中的小宝石——潘多拉，据说可以获得永生。
而另一边的黑羽快斗，也就是怪盗基德二代，也同样发现了所有，也就是杀害自己父亲的元凶——黑衣组织。
于是两个十七岁的少年，因为一个国际犯罪组织而相识，成为彼此最好的搭档。一个被灌药变小，以江户川柯南的身份活下去，继续追查，一个为寻找杀害父亲的组织，继承父业化身基德，寻找潘多拉的下落。他们从宿敌成为伙伴，一同去寻找答案。
黑衣组织，一个国际犯罪团伙，他们本来只是一个追求永生的帮会，但boss的死去，使他们更加狂热，逐渐发展并壮大，强大到足以引起日本公安、FBI、CIA等组织的注意并安插卧底。为了永生不惜一切代价，杀人、人体实验、制作药物，他们乐此不疲。他们的每一个人都有自己的代号，但都是酒名。但是善有善报，恶有恶报，他们所做的这一切，终会有一天被发现、被消灭。
终有一天，黑衣组织发现有一个七岁的少年和一个年龄未知的怪盗，正在联合多方势力，让他们的组织逐步瓦解，可是已无法阻止。组织里的卧底开始现身，在某天的清晨，发起了总攻。
两个少年也一起杀入了组织，面对琴酒和伏特加，他们把后背交给对方，把生命托付给对方。伏特加被基德的枪而射杀，而基德也因为乱枪受到重伤，最后，现场只剩下了琴酒和江户川柯南，不，工藤新一。
后来组织覆灭，柯南还在为了重新变回新一而努力，快斗还在为了不让别的恶势力拿走潘多拉而寻找……
禾笙尽力了，已经尽量不让兄弟情成为基情了，不过，快新大法好啊～多香啊～
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