第二幕

我是高中生侦探工藤新一。在和青梅竹马兼同学的毛利兰去游乐园玩的时候， 目击了黑衣男子可疑的交易现场。 专注于看交易的我， 没有注意到从背后逼近的另一个同伙， 我被那个男人喂下毒药。 当我醒来睁开眼睛的时候， 身体竟然缩小了！

如果让他们知道工藤新一还活着的话， 不但会被再度被他们追杀还会祸及周围的人。

在阿笠博士的建议下， 隐藏身份的我被兰问及姓名的时候，慌忙间自称江户川柯南。

为了收集他们的情报。寄住到了父亲是侦探的兰家。 步美，元太，光彦，是变小的我现在的同学。 阿笠博士，还有灰原哀，是少数知道我真实身份人之一。 当然还有关西高中生侦探-服部平次

虽然身体变小，但头脑依然棒， 无所不知的名侦探， 真相只有一个。