他们三人来到屋内，只见那个穿白大褂的男人转动了一下实木桌子上的乌鸦摆设，中间那块木质地板居然向两边打开了，露出了隐藏在下面的楼梯，直通地底。
柯南被Gin指着脑袋，跟着前面的男人走了下去，原本还是黑漆漆的一片，听到脚步声后前面的灯一盏一盏地亮了起来，他们走过后灯又熄灭了，刚刚那两块地板也自动关闭。不知走了多久，他们终于踏上了平地，走在前面的男人打开一个固定在墙上的箱子，露出了里面的验证系统，他按了密码，验证了指纹加扫脸，系统才说了一句“欢迎”，并把门打开。
柯南：看来没有得到允许的人是没有那么轻易进入的，如果验证不成功，不知道会发生什么。
大门的另一头，简直刷新了柯南的认知。这是一个极大的地下空间，中间十几米宽的走道似乎望不到尽头，透过窗户看，两旁一间间的实验室摆满了各种试剂，不断有科研人员进进出出，但是并没有沟通，各顾各的，这么多人的一个地方居然只剩下脚步声，实验室里头的声音完全听不到。
“接下来就交给你了。”Gin低声对前面的男人说，男人点了点头，接着在Gin的指示下把柯南的装备全部脱下，收在一个盒子里，让另一个看上去很老的男人拿去保管。做完这一切，Gin才把枪移开，离开了这个地方。柯南顿时松了一口气，至少短时间之内自己是不会死的。
“叔叔，这里是什么地方？”柯南用小奶音大着胆子问。
男人没有回答，而是做了一个噤声的动作，示意柯南跟着他走，然后把柯南带到了一个只有床的小房间，不知道要做什么。
“小朋友，在这里躺好不要动，等一下会有人过来采血。”男人似乎不知道柯南的真实身份，还把他当做小朋友，不过态度还算不错，没有其他组织成员那种阴森或者疯狂的感觉。
“叔叔，为什么要采我的血？还有为什么你会到这里工作？”柯南装作什么都不懂的小孩，并提出了问题。
“我只是个领路人，哪里知道组织找你来的目的，至于我为什么会来这里，那得问我的父母了。当我记事起我就在这里，一直到现在，我的父亲是组织的科学家，母亲听说在生我的时候就已经死了，我都二十几岁了，却不知道外面的世界长什么样。”男人像记起了什么伤心事，一直在叹气。
“那你为什么不试着逃离这里？”
男人抬起头望着天花板，“逃？不行的，之前就有人成功跑出去了，但是没过多久就被抓回来，当着我们的面被枪射死。这里只有拥有代号的科学家才能不受约束随时到外面去，我们这些底层的人，只能一辈子呆在这里，为组织工作到死为止。”
柯南不语，这里像是一个监狱，关着这些可怜的人，如果不是在这里，就算是没有代号的人也可以看到外面的天空。不过，从记事起就来到这里的话，证明这个基地已经存在至少二十年了，这里到底在进行什么研究？组织到底还有多少秘密？
这时，门突然开了，两个穿着白衣服戴着口罩的人带着采血的装备进来了，他们不出声，示意柯南躺在床上，柯南不知道组织有什么目的，现在只好先任由他们摆布。其中一个人采集了柯南的半个试管的血，另外一个则是带着柯南前往未知的空间。
柯南在临走前望了一眼那个男人，眼神似乎在说，你一定会获得自由的。
接着，柯南被带到了一个像是办公室的地方，在这里，他见到了一个坐在沙发上，身形枯槁的老人，似乎弱得风一吹就倒，夸张点形容的话，就像是一个从棺材里爬出来的僵尸，柯南没想到这就是那个传说中神秘黑衣组织的boss，乌丸莲耶！
“过来这边坐，工藤新一同学，现在应该是江户川柯南小朋友。”boss略显费力地说，和之前在别墅里的那个简直判若两人。
柯南小心翼翼地坐到他对面的位子，毕竟那个戴口罩的人还在门外守着，如果他不顺从boss的话，指不定会发生什么。
“说吧，你找我来的目的。”柯南开口直奔主题。
“果然是侦探，连句客套话都不说，”boss笑了，“如果说我要你的命，你还会这么有底气地跟我对话吗？”
柯南皱起眉头，不过还是很淡定地说：“如果你真的想要我的命，就不会等到现在，我没猜错的话，你想要的，应该是我的血或者说是细胞吧。”
“有点意思，你说的没错，能在aptx-4869的药效下活下来并变成小孩子的人，有可能是什么特殊的体质，我要做的就是利用你的基因，让我能够返老还童，摆脱这副衰老的身体。”
“原来你打的是这个主意，不过如果不能配对上，你的计划也只是空想而已。我只想告诉你，生命因为有限才显得珍贵，放弃你的白日梦，好好珍惜眼前的时光吧。”
boss冷笑一声，显然是不同意这个观点。“你还小，不懂得我这个老人家的感受，当死神快要降临时，是那么可怕，人死了之后，他的财产和权力，都一并化为乌有，所以我才用我的所有财产打造了这个基地创建了组织，为的就是长生不老，属于我的东西谁也不能拿走！”说完就疯狂咳嗽起来，还不断有血咳出来。
“喂你不要激动冷静一点！这样只会加速你的死亡！”虽然对方是他痛恨的组织的大boss，但他没办法做到见死不救。
“快了，我快要拥有年轻鲜活的身体了！只要，只要你肯帮我，我就饶你不死，还会给你无上的地位！”boss眼睛发红，像一头饿狼紧紧地盯着柯南。
柯南无语：你先顾好自己再说吧。不过现在的情况对我很不利啊，说什么无上的地位，最后还是会把我杀死，还是得想办法逃出去才行。
另一边，怎样也找不到柯南的公安和FBI的人，打算直接出击，把组织基地打掉并救出柯南。小兰和小哀则是通过追踪眼镜来到了那栋破旧民居附近，灰原哀很清楚，这是组织的实验基地，并且她之前就在这里工作过，比较熟悉这里的情况。
“从正门进去是不可能的，绝对会被发现。”灰原哀对小兰说。
“那我们难道就不管新一了吗？他现在应该很危险！”小兰着急地说，她不能让新一独自面对这么危险的组织！
“我没说进不去，看到那边的通风管道没？”灰原哀指着一个竖起来的像烟囱一样的东西，不过矮很多，“我们的体型正好可以从那里爬进去，直接进入到基地内部。”
新一，我们来救你了！
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