（下面是回忆的情节，具体请看动画）
公元2029年，日本爆发了一种病毒，叫做“天启病毒”。2029年12.24，以“LostChristmas”为契机，日本失去了权力，被赋予表面自治权，日本开始了短暂的和平。
而在十年后的2039年，一个少年，樱满集，在偶然的机会下，偶遇了网络歌手楪祈。在无意间，集在祈与涯引导之下，与葬仪社而发生了关联。尔后因为关系紧迫获被女主使用了虚空基因组，他的右手上出现了“王之刻印”。通过刻印，集可以自在地从人的身体里抽取出名为“void（虚空）”的物质，并以借此为武器得到战斗的力量。然而，集并不知道，这，为他的生活带来了巨变。
在获得“王的力量”后，集开始与葬仪社的战友们一起战斗。在这个过程中，他认识了葬仪社的首领-恙神涯，以及其他成员，筱宫绫濑，鸫，城户研二，还有葬仪社军师，四分仪。在他们的引导下，集逐渐明白了，所谓“GHQ”，表面上维护日本，实际上，他们是想引发第四次启示录病毒。他们试图唤醒“夏娃”，与“亚当”结合，再次引发“Lostchristmas”。而葬仪社则为了阻止这种情况，不断的战斗着。
但是，集在成长的过程中，也逐渐明白了人心。他明白了什么是朋友，是魂馆飒太教给他的；他也明白了外表与内心不一的寒川谷寻，为了自己而多次背叛他。在一次任务中，集因为没有救下寒川谷寻的弟弟，而导致心理阴影。因此，下一次的任务，集不敢抽出虚空，导致任务临近失败。后来，在校条祭的安慰下，告诉朋友们真相，并一同去救葬仪社的各位。然而，在任务途中遇到“神识”，试图复活被夏娃附体的樱满真名，记忆恢复，使“王的力量”进阶，被迫刺死了恙神涯，救下楪祈。而也因为这次任务，导致了“GHQ”封锁了东京，包括樱满集所在高中，天王洲高中。而楪祈，鸫，筱宫绫濑也隐瞒身份，混入学生当中。
可是，由于与家分离，天王洲高中的学生们极度恐慌，而学生会长供奉院亚里沙也被质问，可不可以离开。无奈之下，樱满集只好把“void”的事情说了出来，试图打造一个“空洞王国”。寒川谷寻提出“空洞等级制”，集不支持。后来，由于“GHQ”入侵，试图消灭学生，而集与校条祭也受伤。后来，校条祭用空洞绷带救活了集，自己却因空洞被扫射破碎而死。集醒来后悲愤欲绝，决定建立一个等级制王国。由A-F等排列，魂馆飒太也被排为F级别。后来由于集的制度残暴，学生们决定改革。在集摧毁东京铁塔后，学生们在亚里沙的策划下，将集包围。后来，被神识复活的恙神涯，用祈的虚空砍下了集的右手，获得了王的力量。而祈也带着集逃走。
后来，在“GHQ”追捕祈与集时，祈找到了自己内心真正的情感--对集的爱。然后，她一人冲了出去，暴走击败了“终极咆哮”，却被恙神涯抓住，带走了。而恙神涯的目的其实是为了复活真名，使启示录病毒再次爆发。祈被带走后，集找到了亚里沙，要求她带集去找祈，但是此时樱满春夏（集的妈妈）正在被追捕，两人只好去找樱满春夏。而“GHQ”先找到了樱满春夏，想得到她手上的“虚空基因组”，获得“王的力量”。就在虚空基因组即将被拿走时，集赶到了，重新获得“王的力量”，并且杀死嘘界，决定要去拯救祈与涯。后来在商讨计划时，四分仪拿来了被GHQ存放的樱满黑周的日记，同时，樱满集与魂馆飒太和好。而后，便带上伙伴的虚空，前往战斗。
他们抵达战场时，首先用鸫的虚空复制了一模一样的人偶，大致了解了敌人的防御水平。而涯已经知道他们入侵，已经做好了准备。并且，涯消除了祈的记忆。在记忆消失前，祈把和集的种种都回忆了一遍。最后，祈留下了眼泪，泪水化为一朵花。然后，，她唱起了歌，而歌只有集可以听到。他跟着歌声，来到了指挥室，却不料“神识”--Daath在这里等着他们。Daath劝说集成为亚当，开创新世界，被集拒绝。随后，Daath准备夺走集的“王的力量”，却被集打败，让集来到了涯所在的地方。可惜，此时真名已经苏醒。苏醒的真名仍然想让集成为亚当，被集拒绝。随后，真名便开始了舞蹈，准备引发第四次启示录。集上前阻止，却被涯击倒在地。就在集以为自己要死去时，他看到了那朵花。那朵花上有祈的幻影。集受到鼓舞，抽取了虚空（花中剑）。而剑抽出来的时候，真名的舞蹈也因此停下，而笼罩地球的光也因此消失，真名也因此失明。涯也被集打败，研究所将要倒塌。在研究所倒塌前，达利鲁被研究员救下，并被告诫做一个好人（后面是重要人物）。涯掉下去时，集用最后一击，击败了涯。在涯死前，集来到涯的幻想世界（即幻想乡），并在这里看到了同学与十年前的圣诞前夕。涯早上去，抱着真名，化为结晶，走了。随后，集又回到了现实。
回到现实后，集看到了祈，祈在呼唤他的名字。不过此时祈已经失明。她抱住了集，眼泪不住的往下流。集准备用“王的力量”将世间一切全部吸收，却被祈发现意图。祈将自己仅剩的短短的生命线编织成了花绳，将它交给了集。集由于继承了祈的生命线，也因此失明。随后，建筑物倒塌了。
至此，便是两年前的所有回忆。
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