不在场证明,暗号,作案手法,教义,一个充满神秘的黑暗组织。
高中生侦探工藤新一与毛利兰在游乐园游玩时发现两个行动诡异的黑衣男子,便跟踪他们,不料被灌下一种叫“APTX4869”的神秘毒药,然而因为药物副作用,新一的身体竟回到孩童状态。为不使周围的人受到牵连,他化名为“江户川柯南”,寄住在毛利兰家中,用阿笠博士发明的手表型麻醉枪让毛利小五郎睡着,接着用蝴蝶结变声器模仿他的声音来进行推理,解决了许多案件,并一直寻找着黑衣组织的人的下落,希望有朝一日将其绳之以法,并变回原来的样子
阿笠博士带少年侦探团到野外去露营,可却在回程的途中在森林里迷路,误打误撞来到了一个被森林环绕的古堡,所幸主人很热情的邀请大家入住古
堡,然而住在里面的间宫家族好像隐藏这什么秘密,之后,柯南在房间的密室里发现一具骷髅,就在这时,有人从背后将他打晕。
柯南一直到吃晚饭的时候都还不见踪影,博士去找他时也被不明人士打昏。深夜,不放心博士和柯南的灰原等人决定在古堡进行搜索,然而他们却没
有发现凶手正悄悄跟在他们后面,大家跟着灰原来到柯南消失的密室,并发现了血迹和石头上的留言,古堡越来越诡异,之后,光彦和元太也不知了
去向,步美和灰原进一步深入古堡,就在她们也发现那具骷髅时,凶手出现。