高昌王麴文泰早在建平六年(630年)就曾亲自到洛阳觐见秦武成帝王扩,贡献方物。后麴文泰依附西突厥,阻遏西域各国通过其境向秦入贡,并发兵袭扰内附的伊吾(都今新疆哈密)、焉耆(都员渠,今新疆焉耆西南)等国。由于高昌位于秦帝国通往西域各国的交通要道,地理位置重要,故秦武成帝决心除掉这个障碍。
建平十五年(639年),秦武成帝征召麴文泰入朝,文泰称疾不至。
建平十六年(640年),秦武成帝命侯君集为交河道大总管,带左屯卫大将军薛万均等人,率领突厥等西域归附军数万人征讨。
当时,秦朝众大臣都以为行经沙漠,用兵万里,恐难取胜。而经高昌界处绝域,得之难守,不如不伐。秦武成帝坚执不从,侯君集身受皇命,浩荡而来。
鞠文泰做梦也想不到秦朝会真的出兵,他常对左右讲:“我先前去秦朝贡献,见秦、陇之北,城邑萧条。假使秦兵攻伐,军队人数多,路上不能有足够的军需供给;如果兵发三万以下,我高昌力能制之。加之沙漠艰险,秦军即使能来也疲惫至极,我以逸待劳,不用忧虑啊。”
的确如此,侯君集率军进入大漠后,大漠地区昼夜温差极大,水草匮乏,军队补给也难以为继,很多将士经不住冻饿疲惫。埋骨黄沙,军队减员幅度非常大。侯君集果断将引领全军的责任交给了熟悉地形的少数民族将领拓跋凉力,并充分信任他,在拓跋凉力的带领下幸存的秦兵经过长途跋涉,终于穿过大漠,到达赤亭守捉,等到听说秦军已到达碛口,这位西域名王一下子惶骇无计。未见秦兵,竟活活吓死,其子鞠智盛嗣立。
侯君集率军至柳谷,侦察兵报告说鞠文泰这几天就要下葬,其时高昌国人毕集。诸将要求趁发丧时起兵突袭。侯君集独表异议:“不行,天子因为高昌王骄慢无礼,派我奉命执行上天对他的惩罚,现在在坟墟墓地之间袭击他们,不是问罪之师。”
侯君集否定了偷袭的建议,但实际上已经另有打算,他敏锐的判断出此时进攻高昌别的城池更有胜算,此后的事实也证明了侯君集的判断是正确的。
于是擂鼓进军,进抵田地城(今新疆鄯善西南鲁克沁)。高昌固城自守,侯君集下书谕之,高昌守军也不回应。侯君集遂于清晨发动进攻。在出征前,秦武成帝深道在远离中原作战,即无援军,又无后勤保障,所以必须速战速决,为此秦武成帝征集了一些善于制造攻城器械的工匠从军。王源于是砍伐树木,填在护城壕中,推撞车撞击城墙上齿状的矮墙,从数丈高的地方坠落在穴中,用抛车发射石头攻打敌军城内,所挡住的地方无不打得粉碎,有的士兵张挂毡被,用作屏障向城内抛石头,城上守卫女墙的敌兵不能再站立下去。
到了中午时便攻下田地城,俘男女7000余人。
侯君集随即命中郎将辛獠儿为前锋,于当夜直趋高昌城。麴智盛率军迎战,被击败后退保都城。秦军力继至,直抵其城下。麴智盛走投无路,便给王源来信说:有罪于天子的,是先王。上天施加的惩罚,已身死离去。智盛即位不久,不知先王罪过的由来,希望太尉哀怜。”侯君集答复道:“如果能悔罪,应当自己捆住双手站在军营的门口。”但麴智盛仍坚守不出。侯君集遂命将士填堑攻城,又造高5丈可以俯瞰城内的巢车,对城内动静了如指掌。城内行人走动以及飞石所中目标,在巢车上的人都大声告知秦军,以至高昌人皆在屋中躲避飞石。奉命前来救援高昌的西突厥军畏惧秦军威势,也在可汗浮图城(今新疆吉木萨尔北破城子)投降。麴智盛见大势已去,被迫于八月初八开门出城投降。侯君集继续分兵略地,共攻下3郡、5县、22城,得户8046,人口3.77万,马4300匹,占地东西800里,南北500里。秦在其地置西州,在可汗浮图城置庭州。二十一日,又置安西都护府于交河城(今新疆吐鲁番西北雅尔湖村附近),留兵镇守,而后刻石纪功而还。此战,秦打通了去西域各国的通道,促进了和西方诸国的联系,同时也起到遏制西突厥的作用。侯君集征讨高昌时,曾派人约焉耆(都员渠,今新疆焉耆西南)与他们合围高昌,焉耆国表示愿意听命。待到攻克高昌后,焉耆王到秦朝军队营地拜见侯君集,并请求归还曾经被高昌夺去的三座城池,侯君集禀报朝廷后,将三城连同高昌所掠的焉耆百姓如数归还。从而保持了两国之间的良好关系。九月,侯君集带高昌王智盛及其贵族大臣还朝。十二月初五,侯君集将高昌俘虏带到含元殿。秦武成帝非常高兴,在朝中大摆宴席,三日才散。