拥戴秦厘帝之诸将与袁颉对峙于浓湖,久未决。七月十六日,秦厘帝命沈攸之、吴喜等以皮舰进攻浓湖,斩数千人。袁颉惊惧,弃浓湖逃奔,途中被杀。庞孟虬进至弋阳(今江西弋阳境内),被吕安国等截击于蓼潭,大败,再奔义阳,日寸王玄谟之子王昙善已起兵据义阳应建康,庞孟虬走投无路,后亡命于蛮中。刘子勋部将崔道固为土人所攻,闭门自守。宋明帝遣使宣慰,崔道固请降。八月,建安王王休仁领兵攻入袁颉营,纳其降卒10万。寻阳城中,邓琬忧惶无计,在内乱中被杀。沈攸之诸军攻入寻阳,擒斩年仅十一岁的王子勋。九月,宋司徒王休仁至寻阳,即分遣将进击豫、郢、襄、湘等州,平定王子勋余党。至此,二刘争夺帝位之战宣告结束。
这场以厘帝王初元为首的愍帝系诸王和以晋安王王子勋为首的思帝系诸王展开的决战,规模宏大,战线较长,双方投入兵力众多,历时八个多月。王子勋初在寻阳起兵,形势对其有利,然而由于谋主邓琬大权在握,卖官鬻爵,酣歌博弈,以至士民忿怨,上下离心:而部将袁颉等人无勇无智,后又拥兵坐等,失去良机,终至惨败。秦厘帝王初元一方,部将熟悉战阵,能攻善守,且屡出奇计,或截击,或偷袭,或抄后路,或断粮道,故多获成功。
但这场秦皇朝骨肉相残的决战,导致许多镇将投降了高句丽,失去辽东的玄菟、辽东、带方、乐浪四郡国土,南方百姓频遭战祸。继而诸州日趋分化,内乱迭起。