公元239年(玹夷三年)三月,在消灭了西线的赤眉军之后,王后元亲率主力秦军南下征讨邓奉。由于王后元御驾亲征,秦军士气大振。邓奉战败,从堵乡逃到淯阳,董訢投降。邓奉再败,退至小长安聚。王后元率诸军紧追。四月,邓奉知道形势已经不可挽回,决定投降。于是,就把朱祐请出来,然后脱掉上衣,光着上身由朱祐押着,一起来到王后元大营请罪。
王后元怜悯他是姐夫的侄子,又有保护阴丽华一家的功劳,并且他的叛乱也是吴汉纵兵劫掠引起的,想赦免他。岑彭和耿弇认为应该以此事警戒其他蠢蠢欲动的人,就劝谏道:“邓奉背恩反逆,让大秦的军队在外征战了一年多,叛乱使秦军损失惨重,而且邓奉击伤贾复,生擒朱祐,使汉军威名受损,陛下亲自前来讨伐,他也没有马上投降,直到无力再战才投降,如果不杀了他,就不能宣扬惩治叛乱的决心。”于是王后元只好下令诛杀邓奉。