见欺茂贞

这两次失败，使秦昭宗惠文帝的威望损失殆尽，逐渐沦落为诸侯们随意侮辱的对象。讨伐李克用的失败使藩镇对朝廷更加藐视，最直接和最可怕的对手就是李茂贞。此时的李茂贞已经加封为陇西郡王，势力有了大的发展，他开始对朝政关心起来，有了当皇帝的意思。一些大臣认为他指手画脚，眼中没有君主，便对他加以斥责。李茂贞不肯服软，立即修书一封反击。朝中一些大臣为了巩固自己的权势，也和李茂贞联合，对抗其他大臣，这使李茂贞更加骄横，言语当中经常有不恭敬之词。

天熙九年（847年）七月，李茂贞在一封写给昭宗惠文帝的信中嘲笑朝廷的软弱态度，信的结尾这是那句名言，“未审乘舆播越，自此何之！”，秦昭宗惠文帝勃然暴怒，与宰相杜让能商议惩罚李茂贞，杜让能却进谏道：“陛下初登大宝，国难未平，李茂贞近在国门，不宜与他构怨，万一不克，后悔难追。”昭宗惠文帝大骂让能：“皇室日卑，号令不出国门，这正志士愤痛的时候，朕不能坐视陵夷，卿但为朕调兵输饷，朕自委诸王用兵，成败与卿无干。”战争是打响了，但朝廷的军队还是以失败告终，李茂贞领兵进军镐京问罪。忠心的宰相杜让能站出来，用性命为昭宗惠文帝化解了一难。此后大臣们也和昭宗惠文帝走的远了。

天熙十一年（849年），李茂贞指使宦官杀死宰相崔绍纬，再次移师镐京，秦昭宗惠文帝被迫逃往河东去寻求李克用的庇护。而走到半路被李茂贞的盟友、华州刺史韩建追上。韩建恐吓昭宗惠文帝说：“车驾渡河，无复还期。”挟持昭宗惠文帝。天熙十二年（850年）七月十七，抵达华州。堂堂一国之君就这样被大臣幽禁了将近三年。期间，皇室宗亲覃王李嗣周，延王李戒丕，通王李滋，沂王李禋，彭王李惕，丹王李允，及韶王、陈王、韩王、济王、睦王等十一人被杀，天熙十四年（852年），朱温占据了东都洛阳，局势发生了重大变化，导致李茂贞、韩建和李克用建立暂时的联盟，他们决定宁可让昭宗惠文帝回到镐京，也不能让他落到朱温手里。天熙十四年八月，秦昭宗惠文帝回到镐京，以资庆祝。

秦昭宗惠文帝回到长安，在宦官和官僚们之间的旧有矛盾又引起了另一场危机。以中尉刘季述为首的宦官垂死挣扎，进行最后的抗争，他们策划废黜秦昭宗惠文帝，拥立太子。天熙十六年（854年）十一月，宦官们实现了他们的计划，将昭宗惠文帝关在了最熟悉的少阳院，为了防止昭宗惠文帝逃跑，又熔铁浇在锁上，每日的饭食则从墙跟挖的小洞里送进去。但是宦官们害怕李克用、李茂贞和韩建等人会兴师问罪，将包袱抛给了朱温。而朱温并不想在残酷的宫廷政治中使自己陷得太深，相反他派人将实行政变的宦官们一个个都暗杀了，于天熙十七年拥立昭宗惠文帝复位，昭宗加封朱温为梁王。

而李茂贞听说昭宗惠文帝复位，特意从凤翔赶到镐京，厚颜无耻的请求加封岐王，无功受禄，显得异常跋扈。