2001年夏季，日本国，东京市。
长田优作光荣的从私立晴川高中毕业了，以优异的成绩考入了东京城北大学的生物系，成为了一名大学生。
中午上完课的长田优作就回到家中准备自己的午餐，下午因为没有课程就没有去学校，而是准备在家里忙活他的小菜园。
做好饭菜的长田优作正坐在座位上，悠哉悠哉的吃着午餐看着电视，突然一条新闻消息吸引了长田优作的注意力，他不由的放下筷子，仔细的观看着新闻。
只见电视上正播放着最新的一则新闻消息，在文京区的立大场中学内，一名女生在课间活动的时候发现一具男性少年的尸体。
死者似乎是跟少女一样，也是一位初中生，警方经过检查，暂时还没有确定死者的死亡时间和死亡原因。
但死者的死亡的样子和地点却非常奇怪，在被发现时，整个身体都被塞入在一颗树中，只留下一条手臂从树洞中露出，因为穿着的衣服跟树的颜色差不多，若不仔细查看，都难以发现学校的树上竟然会有一具尸体。
此时，长田优作已经停下了手中正在用餐的筷子，双眼紧紧的盯着电视机，面色十分凝重。
过了良久终于回过神来，拿起筷子继续用着午餐，表面上不露声色，其实内心早已波涛汹涌。
“终于开始了吗？”
“假面骑士Agito的剧情”
“这一天自己等了太久，那颗躁动的心早已按耐不住了。”
现在Unknown的怪物模样还没有出现在大众的视野，警方自然不知道人类已经被危险给盯上了，只把这种杀人案件当做普通的杀人案来处理，但过了今晚他们就会认识到未确认生命体又出现了，而且比之前的更加危险残暴。
另一边左伯课长家，因为自己儿子被杀害整个家庭都陷入在了悲伤的氛围中，但自己又不得不去工作，不然活着的人该怎么生活。
左伯太太送着丈夫来到家门口，忽然间看到不远处大树后有红色丝巾随风飘荡，等自己把公文包递给丈夫后，在抬头准备看个究竟，那红色丝巾已然消失不见，仿佛从来没有出现过一样。
左伯课长接过公文包，走出了自家大门，却不知道危险正在靠近，还正在边走边与公司通着电话。
左伯太太回到家中，发现丈夫放在沙发上的文件没有拿走，便急匆匆的赶出去想要送给丈夫。
但她出去之后左右两边的道路上，都没有丈夫的身影，正在他失望之际，听到了陌生男子的声音传来。
与此同时正在家中洗碗的长田优作，脑海中传来了特殊的声音，因为之前体内有过Agito之力，所以他也能听见这种奇特的声音，他知道这是Unknown准备杀人时出现的提示声，立马放下手中的事情，走出家门来到Faiz机车旁边，可是声音立马就消失不见，他知道被Unknown袭击的人已经死亡了，自己在赶去也无用了，说不定还会碰到警察。
而正在花园种菜的津上翔一和躺在病床上的苇原凉也听到了这种声音，两人都头疼的要死，最终声音消失两人才好很多。
左伯太太四下搜寻着声源，原来是树下丈夫的手机传来的声音，但丈夫的身影却消失不见，左伯太太有一种不好的预感，连忙抬头向树上看去。
果不其然自己丈夫的尸体，正趴在树上看起来毫无生机，左伯太太顿时面如死灰，绝望之色跃然于表，自己刚刚失去儿子，现在丈夫也被杀害，这让自己还怎么活呢！
左伯太太用拿在手中的手机向警察厅报案，不久之后警笛声传来，一辆辆警车来到案发现场。
与此同时，身在未确认生命体对策组研究所的冰川诚，听到消息后也赶到案发现场，来到左伯太太的家中，向她了解有什么异常情况，因为冰川诚始终觉得最近发生的命案有古怪，跟几年前的未确认生命体很是相似。
只可惜左伯太太在先后失去儿子和丈夫，非常的悲伤绝望，冰川诚没有打听到有用的信息，只好留下自己的联系方式，让左伯太太有什么线索，可以联系自己。
这时警视厅搜查课的刑事走了进来，来人正是帅气却又高傲自大的北条透。
北条透走进屋子，看到了正在询问左伯太太情况的冰川诚。
“你是未确认生命体对策组的冰川诚吧！这里好像不是你们的搜查范围，你来这里做什么。”
北条透语气十分不善的对着冰川诚道，原来在G3系统发展初期，他是最先报名成为着装员的人，但结果却被突如其来的冰川诚夺得这荣誉，一直都感到很不愉快，所以才对冰川诚态度十分不友好。
“我觉得最近发生的案件，很可能与未确认生命体有关，所以前来调查。”
冰川诚看着面色有些嫉妒的北条透，不知所以然，对着他说出了自己来的原因。
“我看是你们未确认生命体对策组，整天没什么事情要干，快解散了才把杀人案当成未确认生命体杀人吧！”
北条透用十分高傲的语气对着面前的人道，冰川诚也确实因为对策住组成立至今，没有做出什么有用的贡献，每年需要大量消耗警视厅资金，才来看看最近离奇杀人案件是不是未确认生命体所为。
如果是那么自己所在的对策组终于有了用武之地，如果不是那就更好了，能尽快查出杀人凶手。
冰川诚也不跟北条透一般见识，走出案发现场，开车回到未确认生命体对策组办公室，见到了小泽橙子和尾室隆弘，告诉了两人自己所知道的情况，三人准备商量一下，看看能有什么发现。
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