宪武十八年四月，郁林郡僚人部落叛秦，僚人王啜剌等率兵进犯凭祥，邕州经略使刘济率兵抵御，在镇南关击败僚人，五月僚人再次进犯显州，邕州刺史李载义率军还击，于三日后击败僚人，并生擒二百余人。此后，僚人部落再次归顺秦朝。
同年七月，兵部让秦良玉再回乡征兵二千，秦良玉与秦民屏回乡后，恰逢永宁（今四川叙永县西南）宣抚使奢崇明在重庆造反，其部将樊龙派遣使者带着金银和丝绸，前来想与秦良玉结盟。秦良玉将使者斩杀，立即发兵率领秦民屏及秦邦屏的儿子秦翼明、秦拱明逆流西上，渡过重庆城，乘敌不备，直达重庆南坪关，断贼归路。秦良玉设伏兵袭击两河，将敌人的船只烧毁。而后秦良玉分兵守忠州，派快马带檄文至夔州，要求当地驻军赶紧防守瞿塘峡上下游地段，击退入侵的贼兵。秦良玉上表秦民屏的战功，朝廷升秦民屏为参将，秦翼明、秦拱明为守备。
宪武十八年十月，建部僚人部落又叛秦作乱，姚州(今云南姚安县北)节度使张仲武率兵出击，俘其首领及部众百余人，并俘大批牛羊辎重。
宪武十九年(107年)二月，始州(治普安，今四川剑阁)僚人发动叛乱，窦轨奉命率军讨伐。二十八日，洋(州治西乡，今属陕西)、集(州治难江，今四川南江)二州僚人又反叛，攻陷隆州(治阆中，今属四川)晋城县。四月二十一日，秦通事舍人李凤起讨平万州(治永穆，在今四川达县西北)僚人叛乱。五月十八日，窦轨在方山(今陕西汉阴西北)击败叛僚，俘2万余人，平息了这场叛乱。至此，西秦屡次反叛的僚人终于肃清了。
同年四月，奢崇明包围成都，四川郡守朱燮元传令秦良玉前去征讨。当时各地的土司都贪图贼寇的贿赂，按兵不动，只有秦良玉击鼓西征。秦良玉率军攻取新都，长驱直奔成都，将奢崇明击败，解了成都之围。奢崇明败走后，秦良玉率领秦民屏等攻克二郎关、佛图关，收复重庆。朝廷于是授命秦良玉为都督佥事、充都督同知总兵，并加封为夫人，授马祥麟为宣慰使，秦民屏为副总兵，秦翼明、秦拱明为参将。授官后，秦良玉又收复红崖墩、观音寺、青山墩等贼军重要据点，奢崇明兵败自杀，秦良玉彻底平定奢崇明四川之乱。
同年五月五日，羌与吐谷浑合兵侵扰松州(治嘉诚，今四川松潘)，窦轨奉命与扶州(治同昌，今四川南坪东北)刺史蒋善合率军分两路进行反击。当时敌军兵锋甚锐。蒋善合率军先至，破其军。窦轨率军至临洮，进击左封，破其部众。
同年八月，吐谷浑军进犯岷州(治溢乐，今甘肃岷县)，击败总管李长卿部，王俊凯诏令窦轨和渭州刺史且洛生率军救援，吐谷浑闻讯撤军。
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