摘要：还没有见过的宝可梦…还没有见过的城镇…。为了见到未知的事物，小智与皮卡丘到了全新的冒险之地──合众地区！正为了在新天地的冒险雀跃不已时，眼前出现了这地方的宝可梦研究权威——红豆杉博士！大家立刻前往研究所，在那中心，有像是黑色巨大宝可梦的影子。影子放出的雷电直接击中小智的皮卡丘！两颊不断放电让皮卡丘很难过。众人急忙前往博士的研究所详细检查，但是结果却出人意料…。皮卡丘竟然不能用电属性绝招了！以混乱揭开序幕的旅程，到底会怎么样呢!?
主要事件：小智、皮卡丘、花子与大木博士搭乘飞机前往合众地区。
小智得知关都地区、城都地区、丰缘地区、神奥地区的宝可梦无法在合众地区与相遇。
火箭队被坂木指派到合众地区。
小智一行人认识红豆杉博士。
小智认识修帝。
修帝还是第一次见到美纳斯（闪光）、路卡利欧、沙奈朵、烈咬陆鲨
修帝从红豆杉博士处获得藤藤蛇，跟小智的皮卡丘进行了一场对战，最终获胜。
红豆杉博士研究所的水水獭跟随小智。
登场角色：人类：小智
艾莉丝（首次）
武藏
小次郎
红豆杉博士（首次）
修帝（首次）
大木博士
花子
坂木
真鸟
红豆杉博士的帮手
飞机场的职员
公民
宝可梦
皮卡丘（小智的）
美纳斯（闪光，小智的）
路卡利欧（小智的）
沙奈朵（小智的）
烈咬陆鲨（小智的）
喵喵（火箭队的）
牙牙（艾莉丝的；首次）
莱希拉姆（介绍；首次）
捷克罗姆（首次）
藤藤蛇（修帝的；首次）
猫老大（坂木的）
保姆曼波（首次）
四季鹿（多；首次）
豆豆鸽（多；首次）
探探鼠（多；首次）
舞天鹅（多；首次）
泡沫栗鼠（孩子；首次）
暖暖猪（首次）
水水獭（首次）
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