那时候的工藤，还是一个阳光的名侦探，可是在一起事故中，他受了伤。这时，黑暗组织的GIN绑架了远山和叶，毛利兰和中森青子以及雪梨，灰原哀。
最可恨的是，GIN是让手下伪装成工藤下手的，并且将医院的摄像头破坏了。
让毛利小五郎，中森银三和目暮十三以为是工藤新一做的。
同时工藤收到了GIN的信，上面说小兰她们是在废弃大楼里的，毛利小五郎一口咬定是工藤新一做的，这时服部平次和黑羽快斗都赶了过来，以为真的是工藤做的，毫不犹豫的给了工藤一剑。
她们去了大楼，可工藤先去了，因为信上题到了炸弹。
GIN用一系列手段嫁祸给工藤，工藤为了毛利兰她们，自愿朝火海走去。
只有灰原哀知道真相，工藤加入了组织，并且“杀死”了第525个目标，其实手法很简单，就是把人交给灰原然后放一个假人在那里。
“第526个目标是...毛利兰？”
不行，唯独她，我做不到...
其实一切都是毛利兰，她被黑暗组织盯上了，没有原因，工藤为了保护她，只好“杀人”
可是毛利兰不领情，她找到了工藤新一，把他拉进警察局。工藤怎么说他们都不相信，灰原哀突然走来，说出了真相。
服部平次赶来了，不知为何，工藤一见到他，心脏就会隐隐作痛。
服部见状，走过去拉起了新一的衣服，之间一条长长的刀痕。服部顿时敢到愧疚，还看到了被扑克牌擦伤和插入的痕迹。
新一黑着脸，一颗泪珠划过少年脸庞。少年再抬头时眼睛已是紫色。
“为什么，当时不相信我？”
“工藤，我...”
“够了，我没权利得到你的回答”
“工藤，我知道，你受了很多苦...”
“你是什么意思？”
少年忽然抬头服部只见原本深蓝的如同宝石的眼睛，变得紫红。眼角，有血泪流出。
工藤，你到底经历了什么？
“你永远也不会知道的，名侦探先生服部平次”
工藤仿佛看透了他的心一般。
工藤起身离开。服部抓住了工藤的手臂“到底怎么了？”
“与你何干。”
“放开。”
“不放”
“放开。”
“不放”
“我说，放开你的手！！！”
什么情况？
工藤一向很高傲的啊，今天怎么了？居然流泪了？见鬼了，真是见鬼了！
灰原哀让服部联系黑羽，给了他们个一颗药丸
说“吃了，我就告诉你们。”
服部很黑羽对视了一眼，吞了下去。
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