上一集中，小太变身为英勇的机器巴克西姆，用其强大的独角导弹头镖斩断了双头怪兽波拉的手与脚。完成这一壮举后，机器巴克西姆重新化为少年小太的模样，却不幸遭到波拉猛烈的反击，头部遭受重创，不得不被紧急送入医院救治。与此同时，波拉虽身受重伤，但其残躯被来自遥远波拉星球的外星人发现，并进行了一系列残忍的改造手术，从而重生为更加恐怖的改造波拉。不久之后，小太从昏迷中苏醒过来，刚从医院出院，正打算在家稍作休息之时，电视屏幕上突然传来紧急警报——改造后的双头怪兽波拉再度现身！小太立刻带上变声器，准备与之决一死战。当他走出家门，赫然发现双头怪兽波拉正站在眼前，他正欲变身机器巴克西姆与其对抗，却听到一个声音：“小太，住手！”小太疑惑地看向自己的化身机器巴克西姆，“怎么了？”机器巴克西姆警告道：“如果现在变身，我们都会陷入绝境。”小太虽然心中焦急，但还是听从了建议，没有变身。随后，小太悄悄跟踪双头怪兽波拉回到了一处火山之中。深入火山内部，他发现了这一切背后的真凶——波拉星人。一番激战之后，小太不幸被波拉星人擒获，正当他即将成为实验对象之际，他的女友小美及时赶到，用枪击退了波拉星人，成功将小太救出。两人正准备撤离之时，突然察觉到火山即将爆发的迹象，于是迅速逃离现场。然而，波拉星人却未能逃脱这场灾难，最终被滚滚岩浆吞噬。就在小太和小美安全脱险后不久，他们震惊地发现，经过改造的双头怪兽波拉以一种前所未有的形态再次出现——超能力机甲兽。面对如此强敌，小太正欲变身机器巴克西姆迎战，却被小美拦下。“不行，你不能变身。”小美焦急地说道。小太深吸一口气，缓缓开口：“小美，对不起。其实我一直都在对你隐瞒真相，我不是普通人，我的真名叫做机器巴克西姆，来自遥远的A99星云。如今，我和机器巴克西姆已经合为一体，无法分离。”小美的眼神中充满了难以置信，“你在说谎，这不可能是真的！”小太坚定地回答：“小美，请相信我。机器巴克西姆的终极决战即将来临。”话音未落，小太便化身为英勇的战士机器巴克西姆，与超能力机甲兽展开了一场惊心动魄的较量。在这场战斗中，机器巴克西姆展现出了前所未有的力量，几乎完全压制住了对手。然而，改造后的双头怪兽波拉也并非等闲之辈，其四肢经过特殊强化，即使是机器巴克西姆的独角导弹头镖也无法轻易斩断。关键时刻，双头怪兽波拉企图利用机器巴克西姆的武器反制，但机器巴克西姆运用其强大的念力，将独角导弹头镖召唤回手中。在一阵激烈的对决之后，机器巴克西姆终于用独角导弹头镖击碎了双头怪兽波拉的头颅，将其彻底击败。目睹这一切的小美，虽然内心充满悲伤，但仍然坚信小太的灵魂终将归来。而小太与机器巴克西姆，则一同踏上了返回A99星云的旅程。
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