在很久很久以前，遥远的宇宙中孕育了一颗生命之树，生命之树分化为两极，一个是白之月亚当，另一个是黑之月莉莉丝。之后生命之树逐渐枯萎，根须化为了朗基努斯之枪。在46亿年前的某日，位于白之月中的亚当撞击到远古地球的南极，并从中孕育出了使徒。而使徒的目的则是回归亚当完成进化。然而本该与亚当分开且载有莉莉丝的黑之月竟在6亿年之后撞击到了地球，史称"第一次冲击"。这次撞击改变了地球的环境形态，使得亚当与使徒们进入休眠，同时莉莉丝的体液LCL混入大海形成生命之海。公元1947年，人类偶然发现了死海文书，里面记载了人类与使徒之间是你死我活的竞争关系。而文书预言了21世纪的约束之日，即世间生命毁灭回归生命之海。在死海文书的基础上出现了一个宗教组织Seele，而基路议长成为了宗教的首领。他们想遵循文书的指示让人类洗净身上的罪恶向上帝赎罪，进而与莉莉丝融合，实现人类补完计划。因此Seele制定了两个分计划。第一个计划为亚当计划，将亚当还原为胚胎，以此制作亚当与莉莉丝复制品EVA，从而用EVA与使徒作战保卫人类。第二个计划是E计划，通过制造使徒级别的量产机借此完成救赎仪式。为了执行两个计划，2000年Seele和联合国派出考察队前往南极寻找亚当，但在此时亚当意外苏醒引发爆炸，导致海平面上升地轴偏转。这次事件史称"第二次冲击"，沉睡的使徒也因此苏醒。
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