温齐若有所思“那个虚拟实验平台可以用吗?模拟实验可以做出结果吗?”
白容摇摇头“不行,虚拟实验平台的实验都是设定好的,不能用于做预实验,预实验的结果是未可知的。”
“有没有虚拟手段预测一下结果,这样的结果算预实验结果吗?”
白容脑子里灵光一闪“还真有!我记得他们用软件做过一个两个事物的相关性的图,好像叫火山图”
“昕然查一下火山图用什么软件做?”“好”
“ MetaboAnalyst”
“我去查教程,谢谢你!温齐。”
“哈哈,那不打扰你们忙了。”
火山图(Volcano plot)是散点图的一种,它将统计测试中的统计显著性量度(如p-value)和变化幅度相结合,从而能够帮助快速直观地识别那些变化幅度较大且具有统计学意义的数据点(代谢物等)。
“昕然,我已经用alpha、beta替换了目标文件的靶标中的希腊字母α、β。发给你了”“好。”
数据处理,归一化,点击继续;选择分析项目,点击Volcano plot(火山图分析);再填写FC阈值,2。P-value阈值0.05。
“出来了出来了,哈哈哈哈哈哈”钟昕然握住白容的白容的肩膀,惊喜的说。她们在对方眼中看到了希望。“我们再做两遍,看三次的结果是否相同,避免误差。”
随着鼠标的点击声,钟昕然的神情逐渐凝重,反复对比三次实验结果“每一张都是不一样的!”
刚才的欢喜激动瞬间消失了。
初接触这个软件,第一次做火山图。她们两人不会也没有能力看出是哪里错了。
突然一只白白净净的手拉住白容“黄老师找你,你快接电话!”
白容马上翻出手机,“嘟嘟嘟……“黄老师好!”“诶,白容啊,我跟你说,你那篇摘要要怎么改,你仔细听!这个可行性,不是那样写,你要写实验背景,写指导老师从事这方面相关的,写团队结构。这个实验剂量要……”
“好好好,我马上改!谢谢老师,谢谢老师!”
白容稍迟疑了一下,开口问道“黄老师,你会自我火山图吗?”
“哈哈我当然会,我就是研究这些的。”
“太好了!老师,你可以指导我们一下,做做火山图吗?我们做了三次,用同一个数据,但是三次的结果都不一样。我们看不出来哪里错了。”
“你们用哪个软件做的?我一般用GEO。”
“我们是在网上查到的,MetaboAnalyst”
“你们用GEO试一下,这个很好用的。”
通过GEO在线R包分析基因集,获得基因差异。通过GEO数据库基因芯片在线R包分析基因集,运用R软件对数据集中的靶点进行差异分析,设置p<0.01,fc>2,得到差异基因。基于基因差异结果构建甲状腺乳头状癌增殖的特征性基因表达谱。
“耶!成功了。谢谢黄老师!”
“快写进摘要,整理一下,交吧,时间也不早了。”“好~”两人同声回答。