开场白

工藤新一我是高中生侦探工藤新一，与同学毛利兰在游乐园玩的时候无意间目击了黑衣组织可疑的交易现场。当时我只顾偷看交易，却忽略了从背后而来的琴酒，我被他们灌下了毒药，当我醒来时……

江户川柯南身体居然缩小了！如果被那些人发现工藤新一还活着，不但我的性命难保，还会危及我周遭的人；在阿笠博士的建议下我隐瞒身份，当小兰问到名字时，情急之下我化名为江户川柯南，为调查黑衣组织的线索住进了小兰家-毛利侦探事务所。

江户川柯南迷雾重重的黑衣组织 琴酒，伏特加，苦艾酒，香缇，科恩，以及Sherry，她曾是黑衣组织的科学家，发明出了使我身体缩小的aptx4869，后因姐姐而背叛组织化名为灰原哀；而组织的二把手RUM，他的身份成谜 是一个不可预知的家伙……因17年前的某案件变成了义眼；而这次上演的事件将再次揭开那尘封的过去，真相将浮出水面，我们的身份会被发现吗？

江户川柯南身体虽变小，但头脑依旧好，无所不知的名侦探，真相永远只有一个！

阴暗的小巷里，一个小女孩酿呛的走着，满脸土尘，看不清面貌，身后是一滩滩水渍；小巷的尽头是一片宁静安详的住宅区，而女孩那双锐利的蓝色眼眸确实盯着不远处的一户住宅良久不知在思索着什么，“咳咳，志保…”