主持人约14年后，失去双亲的少女琪亚娜
在长空市发生大崩坏时幸存，并遇到了第三律者雷电芽衣。在琪亚娜的感化下，芽衣控制住了自己的心智（其中有霍雨给与的情绪之力的干涉），两人一同逃离长空市的路上，又遇到了逆熵的少女布洛妮娅。
一番战斗后布洛妮娅决定跟两人一同前进，又遇到了天命的女武神无量塔姬子。三人被姬子
抓到休伯利安号上，之后努力逃出，但最后在与德莉莎的谈判后决定加入天命成为女武神。
三人刚刚加入天命后不久，德莉莎两度扮作在教堂迷路的小修女，测试她们的责任心。
在测试布洛妮娅的过程中，布洛妮娅一度失控，险些进入教堂深处的地下。
三人在天命学习期间，在某处海底发现了幻海密室，里面有一个量子幽灵名为希儿·芙乐艾，是布洛妮娅朝思暮想的儿时好友。
两度进入幻海密室后，在逆熵执行者可可利亚的恶意干涉下，希儿一度律者化。但是在霍雨这个逼老六好稳的留一手给就连死者的科技（神之才能的崩原体培养器都拿来用了，）
而后，在机缘巧合之下，中世纪的黑猫化作的梦魇阿尼拉出现，侵入了希儿的意识。布洛妮娅为了保护希儿也进入了希儿的意识之中。在希儿的童话世界中，希儿的两个人格达成了和解，同时也拯救了黑猫的怨念，阿尼拉。最终，阿尼拉化身黑猫，在现实中救活了希儿。当然这个过程其实是雨贡献了强悍的生命力，否则无法复活死者，做到这件事的人，是答应了黑猫的霍雨，因为作为死灵圣法师的他，拥有干涉死亡的法则。
这也是他征求了朋友法老王的意见后。
不久后，敌对的势力干部可可利亚直接开着战舰月光王座袭击圣芙蕾雅学园，天命与逆熵进行了一场大战。可可利亚认为，需要主动引发大崩坏来筛选人类，实现进化。而引发大崩坏的方式就是让第二律者西琳的核心重合与她的身体结合。在这场混战中，月光王座坠入圣芙蕾雅学园大教堂，打开了底部的密室。而正在舰上的琪亚娜也到达了那里。密室中存放着第二次大崩坏时期诞生的律者——西琳的遗体。
琪亚娜的身体与西琳的核心结合，变成了灭世的神。
人类文明即告毁灭。
在人类文明毁灭前，第一律者，同时也是逆熵的首领瓦尔特躲进虚数空间中逃过灭世，等到人类文明再次建立后才出来。他坚定地认为自己是人类，要为了保护人类而战。可是这一行为也让原本不打算干涉的霍雨彻底无法坐视不管了。
琪亚娜本身并没有灭世的想法，然而与律者核心结合后，她在神的操控下杀死了几乎每一个人。
最后的雷之律者，芽衣和成为神的琪亚娜站在天空哪最后的战场，最后要掐死她的白发少女额前的印记显现着耀眼的光芒
回忆涌入脑海中，那是和大家以前同在的过往，美好的希望与过去的回忆，昨天已经回不去，圣痕的光芒照耀着已经荒芜的大地，那是将一切重置的信号。。异型的的怪物短显现着，意识的统括者，芽衣眼睁睁看着希儿被它的攻击化为粒子，冲上前去的布洛妮娅也被一击击倒。
主持人当她终于能够停下时，整个世界已经陷入了一片荒芜。她所拥有的，毁灭世界的神力，只能杀掉最后一个她见到的人，那就是她自己。她的绝望寄宿在了自己的圣痕中，
但见到一切发生的他霍雨又怎能不闻不问呢？
这是来自一个外星系人类的帮忙。
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