武林各派在张三丰大寿时齐聚武当山兴师问罪,张翠山和殷素素因不愿说出谢逊下落,又因俞岱岩受伤和龙门镖局灭门这场宿怨无法化解,遂双双自刎身亡。混乱中张无忌身受玄冥神掌之伤,寒毒深入腑脏,两年之间各种医治无效。张三丰为救张无忌性命,不惜自贱身份向少林寺求救,被折辱一番拒绝。两人下了少林寺,沿途救了被蒙古兵追杀的常遇春和周芷若。常遇春推荐医术通神的蝴蝶谷医仙胡青牛为张无忌疗伤,不料胡青牛拒绝医治非明教中人,且为躲避祸事逃走。峨眉派掌门人灭绝师太现身蝴蝶谷,江湖人士才得知倚天剑原来在峨眉派的手中。灭绝师太迁怒弟子纪晓芙跟明教杨逍私通,不肯诱杀杨逍,遂掌毙纪晓芙。张无忌护送杨逍和纪晓芙的女儿杨不悔远赴昆仑山寻父,一路上历尽艰险,见证了胡青牛夫妻的惨死和人世的险恶,也结识了朱元璋、徐达、汤和等豪杰。先前,张无忌曾救治过的许多武林人恩将仇报,张无忌几番以身相代,终于保得年幼无知的杨不悔回到了父亲身边。与杨不悔分别后,张无忌在朱武连环庄轻信了道貌岸然的朱长龄和武烈,险些被骗泄露了谢逊的藏身之处。张无忌脱困逃脱之时,跌入万丈深渊,不料想因祸得福,进入了一个群山环抱的洞天福地,宛然一处世外桃源。张无忌本打算在此安度余生,不料无意中得到了久已失传的《九阳真经》,正是尹克西和潇湘子盗走的写在《楞伽经》上的武功秘笈。
抱着打发无聊岁月的念头,张无忌在五年中即练成了这项神功,而体内的寒毒也不知不觉地被驱除殆尽。二十岁的张无忌重入江湖,思念义父心切,一心一意只想去冰火岛与义父团聚,但终究身不由己。在两域火并中,他身受峨眉掌门灭绝师太三记重手,以重伤之躯救了明教一群教徒。后来六大门派同剿光明顶明教总舵,张无忌终于知晓,武林的这场恩怨都是由与明教前任教主阳顶天的夫人有私情的成昆挑拨而起。张无忌为了化解这场误会,出手协助明教与各派高手相抗,九死一生,被明教上下盛情推举坐了教主的高位。蒙古天下兵马大元帅汝阳王的郡主赵敏为了控制武林,嫁祸明教,俘获了六大门派的高手,重创少林寺,空闻、空性等高僧或遭俘虏,或遭屠戮,峨眉派灭绝师太也被赵敏俘获,倚天剑回到赵敏手中。武当派危在旦夕,张无忌潜入武当山,击败赵敏及其帮凶,查明二十年前俞岱岩受大力金刚指所伤残废,乃出走两域的少林寺火工头陀的传人阿三等所为,当年用玄冥神掌击伤自己的也是赵敏手下玄冥二老中的鹤笔翁。明教一干人设法搭救被俘的六大门派武林高手,张无忌报了宿仇,也发现了义父谢逊离开冰火岛重回中原。金花婆婆欲谋害谢逊,抢夺屠龙刀,张无忌暗中保护,果断出击,发现谢逊和金花婆婆(黛绮丝)都是明教中的四大护教法王之一的金毛狮王和紫衫龙王。张无忌、谢逊、赵敏等通力合作,抵抗明教波斯总教的进攻,化解了一场危机。